□부당공제 혐의

〇 재활의학 병원인 A기업은 연구개발 활동에 지출한 연구원의 인건비 0천만 원에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 신청

〇 연구 증거서류로 제출한 연구보고서 등을 검토한 결과, 연구개발 활동 없이 타인의 논문을 인용하고 재활치료 장면 사진 모방, 검증 수치 단순 변형하여 연구개발 활동을 한 것으로 가장

〇 또한, 사후관리 과정에서 제출한 연구보고서, 연구노트 등 연구개발 증거자료와 사후관리 해명자료를 용역계약 체결한 컨설팅 업체가 대리 작성해 주고, 사후관리 결과 세액공제가 부인되자 용역계약을 해제하는 등 불법 컨설팅 정황 포착

□조치사항

⇨ 연구개발 활동 없이 타인의 논문을 단순 인용하여 부당하게 공제받은 인건비 0천만 원 부인하고 0천만 원 추징

□부당공제 혐의

〇교육서비스업을 영위하는 B기업은 연구개발 활동에 지출한 연구원의 인건비 0천만 원에 대해 연구·인력개발비 세액공제 신청

〇연구 증거서류로 제출한 연구보고서 등을 검토한 결과, B기업이 수행한 활동은 교육서비스를 제공하기 위한 일반적인 사업활동으로 세법상 연구개발에 해당하지 않음

〇기획, 홍보, 교육 운영 등 관리 및 지원 업무를 수행하는 강사 및 일반직원을 연구원으로 허위등록한 사실 확인

□조치사항

⇨연구원으로 허위등록한 강사 및 일반직원의 인건비 0천만 원 부인하고 0천만 원 추징

□부당공제 혐의

〇C기업은 바이오 분야 연구개발을 수행하고 연구원의 인건비 0천만 원에 대해 신성장･원천기술 연구개발 공제율 40%를 적용하여 연구·인력개발비 세액공제를 신청

〇연구 증거서류로 제출한 연구보고서 등을 통해 검토한 결과, C기업이 수행한 활동은 일반 연구개발로 조세특례제한법 시행령 [별표7]의 신성장･원천기술의 범위에 해당하지 않음

〇 또한, 연구원 중 주식 10% 초과 보유한 주주인 임원과 관리업무를 수행하는 직원에 대한 인건비를 세액공제 받은 것으로 확인

□조치사항

⇨주식 10% 초과 보유한 주주인 임원과 관리직원의 인건비 0천만 원 부인하고, 신성장･원천기술 적용한 연구개발비 0천만 원에 대해 일반 연구개발 공제율(25%) 적용하여 0천만 원 추징

□부당공제 혐의

〇D기업은 연구개발 활동에 지출한 인건비 0천만 원에 대해 연구·인력개발비 세액공제 신청하였으나 연구소 인정 현황이 확인되지 않아 이에 대해 해명 요청함

〇D기업은 연구소 인정기관인 한국산업기술진흥협회(이하 ‘산기협’)으로부터 받은 연구소 인정 관련 내용을 해명자료로 제출하였으나, 같은 해명자료 내에서도 인정기간, 인정번호 등이 상이한 점을 발견

〇이에 산기협에 문의한 결과, 해당 업체는 사후관리 대상기간 이전에 연구소를 자진 취소하였고, 그 이후 재인정받은 사실이 없는 것으로 확인되는 등 해명자료를 조작하여 제출한 정황 포착

□조치사항

⇨인정받지 않은 연구소의 연구원 인건비 0천만 원 부인하고 0천만 원 추징

□부당공제 혐의

〇E기업은 정부기관과 협약에 의해 정부지원과제를 수행하고 국가로부터 연구개발출연금 0억 원을 수령

〇연구･인력개발세액공제 신청 시 ‘연구개발출연금 등 수령명세서’에 출연금 수령 관련 현황을 작성하지 않았으며,

〇연구개발비 사용내역 등을 검토한 결과, 정부지원과제를 수행하면서 국가로부터 지급받은 연구개발출연금을 연구개발비로 지출하였으나 세액공제 시 연구개발출연금을 포함하여 신청

□조치사항

⇨조세특례제한법 제9조제1항의 규정에 의해 국가 등으로부터 연구개발출연금을 지급받아 연구개발비 및 인력개발비로 지출하는 금액은 연구･인력개발비 세액공제 제외대상에 해당하여 연구개발출연금 0억 원 세액공제 부인하고 0천만 원 추징

□사실관계

〇F기업은 고객사와 부품 납품에 대한 계약을 체결하고 납품 조건을 충족하기 위해 수행한 활동에 참여한 연구원 인건비 0억 원을 사전심사 신청

〇연구개발 활동의 증빙으로 제출한 연구보고서 등을 통해 시제품 제작과 공정을 설계･구축하고 고객사에 이를 검사받는 과정 등 여러 번의 시행착오 활동을 진행한 사실과 이 과정에서 특허등록 내역도 확인

□쟁점사항

〇고객사의 납품 계약 조건을 충족하기 위해 수행하는 활동이 연구개발 활동에 해당하는지 여부

□심사결과

〇기업의 책임과 비용으로 시제품 제작 및 공정 개선 등 시행착오를 거치고 연구개발에 따른 성과물(특허)을 보유하는 등 납품 조건을 충족하기 위한 체계적인 활동은 세법상 연구개발 활동에 해당하여 적격 판정

□사실관계

〇G기업은 자동인식 AI 프로그램을 대상으로 인식률을 개선･향상시키는 개발 활동을 수행하고 참여한 연구원의 인건비 0억 원 사전심사 신청

〇연구노트 등 제출 서류를 통해 데이터 수집, 데이터 레이블링, 알고리즘, 학습추론 방법 개발 등의 활동을 수행한 것으로 확인

□쟁점사항

〇소프트웨어 분야에서 프로그램 출시 이후 활동은 연구개발 활동으로 인정하지 않는 것이 일반적이나, G기업이 수행한 활동이 연구개발 활동에 해당하는지 여부

□심사결과

〇데이터 수집･가공 및 재학습 등 체계적인 과정을 통해 인식 오류 감소 또는 목표 수치 달성하여 AI 모델의 성능을 개선한 활동은 세법상 연구개발 활동에 해당하여 적격 판정

□사실관계

〇H기업은 고객사에 의류를 납품하기 위해 디자인을 진행하고, 참여한 연구원들의 인건비 0억 원을 사전심사 신청

〇고유의 브랜드를 보유한 고객사의 디자이너가 작성한 작업지시서를 제공받아 디자인하고, 샘플 제작 등의 활동을 수행한 것으로 확인

□쟁점사항

〇작업지시서에 의한 의류 제품 디자인 개발이 연구개발 활동에 해당하는지 여부

□심사결과

〇고객사의 작업지시서에 따른 디자인 도안 작성, 샘플 제작 등의 활동은 일반적인 제품 디자인 활동으로 디자인을 개발하기 위한 독창적이고 체계적인 세법상 연구개발 활동에 해당하지 않아 부적격 판정

□사실관계

〇I기업은 수탁업체와 장비개발 관련 연구용역 계약을 체결하고 수탁업체에 지급한 연구개발 비용 0억 원을 위탁연구개발비로 사전심사 신청

〇연구용역계약서 등에 의해 개발한 장비를 판매할 수 있는 권한은 I기업이 소유하고 지적재산권, 설계 도면은 수탁업체가 소유한 것으로 확인

□쟁점사항

〇연구개발 성과물을 구입하는 비용이 위탁연구개발비에 해당하는지 여부

□심사결과

〇위탁연구개발 비용으로 세액공제를 적용받기 위해서는 연구개발용역에 따라 발생하는 지적재산권 등 연구개발 성과물이 실질적으로 위탁자에게 이전되어야 함

〇세액공제 대상이 되는 위탁연구개발비는 연구개발 자체의 위탁비용에 한하는 것으로 연구개발을 통해 생산한 장비의 판매 권한을 취득하기 위한 비용은 과학기술 연구개발을 위탁한 비용에 해당하지 않아 부적격 판정

□(제도개요) 기업의 연구･인력개발을 촉진하여 기술 축적 및 우수 인력 확보 등 기업의 대외경쟁력을 향상시키기 위해 연구･인력개발비 중 일부 비용에 대한 법인세·소득세를 공제 □(공제대상)내국인이 세법상 “연구개발”과 “인력개발”의 정의에 부합하는 활동을 위해 지출한 비용 중 세법에서 정하는 비용에 대해 세액공제 □(공제율) 신성장･원천기술, 국가전략기술과 그 외 일반 연구개발을 구분하여 해당 지출비용의 최대 50%까지 공제 Ι연구･인력개발비 세액공제율(’25년 기준)Ι 구 분(%) 기업유형 추가1｣ 1｣최대 10% (R&D 지출액/매출액×3) 2｣(∼3년)20%, (4∼5년)15%, (6년∼)8% 3｣(∼3년)25%, (4년∼)20% 4｣(∼3년)35%, (4년∼)30% 일반 중견 중소 일 반 0～2 8～202｣ 25 - 신성장･ 원천기술 20 20,253｣ 30 최대 10 국가전략기술 30 30,354｣ 40 최대 10 □(공제현황) ’23년 4.6조 원으로 조세특례제한법상 조세지원 제도 중 조세지출 규모 비중이 가장 큼 ○높은 공제율이 적용되는 신성장･원천기술 및 국가전략기술 범위가 꾸준히 확대되는 등 지원이 강화되어 규모가 지속적으로 증가하는 추세 ▪(신성장･원천기술) : (’10년) 신성장동력산업 10개 분야 46개 기술, 원천기술 18개 분야 45개 기술 → (’25년) 14개 분야 273개 기술 ▪(국가전략기술) : (’21년) 3개 분야 34개 기술 → (’25년) 7개 분야 71개 기술

[저작권자ⓒ 조세플러스. 무단전재-재배포 금지]