장기보유특별공제 이원화…주택은 거주시에만 최대 80% 공제

나홍선 기자

hsna@joseplus.com | 2026-08-03 18:45:12

다주택자 최대 30% 공제 적용…주택 외는 장기보유 소득공제로 변경
종부세 주택 공시가격 14억원 초과시 부과…1주택자 기본공제 2억원↑
정부 ‘2026년 세제개편안’ 확정・발표
▲구윤철 경제부총리가 3일 ‘2026년 세제개편안’에 대해 설명하고 있다[재정경제부 제공]
 

현행 장기보유특별공제를 주택과 주택 외로 이원화해 주택은 거주한 경우에만 연 8%, 최대 80%까지 공제(다주택자의 경우 조정대상지역은 연 2%씩, 최대 30%)하는 ‘장기거주 소득공제’로, 주택 외는 ‘장기보유 소득공제’로 변경된다.

또, 공제수준 합리화를 위해 장기거주소득공제 한도를 신설해 ’28년까지는 20억원, ’29년 이후에는 10억원을 적용하게 된다. 이같은 장특공제 변화는 1년간의 유예기간을 거친 후 단계적으로 시행된다.

 

종합부동산세도 1세대 1주택자의 경우 주택가액 공시가격이 14억원(시가 약 20억원) 초과시 종부세를 부과하고, 그 외의 경우에는 현행대로 주택가액 합계액의 공시가격이 9억원(시가 약 13억원) 초과시 부과하게 된다.

 

주택분 종합부동산세 기본공제금액도 1주택자의 경우 거주용은 기본공제금액이 12억원에서 14억원으로 상향되지만 비거주용은 12억원에서 9억원으로 줄어든다.

 

주택분 종합부동산세 공정시장가액비율도 1세대 1주택자와 지방의 1·2주택자는 오는 ’27년 이후부터 70%(현행 60%)를 적용하고, 3주택 이상 보유자와 조정대상지역 주택보유자(1주택자는 제외)는 ’27년 70%, ’28년 이후 80%를 적용하게 된다.

정부는 8월 3일 세제발전심의위원회를 개최해 이같은 내용을 담은 ‘2026년 세제개편안’을 확정・발표했다.

 

정부의 ‘2026년 세제개편안’에는 이와 함께 녹색전환 및 경제안보 지원 차원에서 국내 생산 기반이 취약한 6대 분야의 국내 직접 생산 및 판매 물품에 대해 소득세와 법인세를 세액공제하는 국내생산세액공제가 신설되는 내용도 담겼다.


또한 친환경차 사용 촉진을 위해 업무용 승용차 감가상각비 인정한도를 전기차 및 수소차는 연 1,000만원까지 상향하고, 연구개발 목적 자율주행 승용차의 부가세 매입세액공제를 허용하는 방안도 포함됐다.

 

이와 함께 신성장원천기술과 국가전략기술에 대한 R&D와 투자에 높은 세액공제율을 적용하고, 석유화학 산업의 사업재편 기업에 대해서는 계획 종료 후 2년까지 투자‧배당 및 상생협력 촉진세 50% 감면 혜택을 받도록 했다.


정부는 또 서민과 중산층 지원 차원에서 월세세액공제 공제대상 월세 한도를 연 1,200만원으로 확대하고, 종합소득 기본공제시 배우자 및 부양가족의 소득금액 요건을 300만원 이하로 상향하기로 했다.


이외에도 청년 주거비 부담 완화 차원에서 청년에 대한 월세 세액공제를 17%로 적용하고,청년의 퇴직연금 납입금에 대해 15%의 소득세 세액공제율을 적용키로 했다.


다음은 정부의 ‘2026년 세제개편안’의 주요 내용이다.

 

2026년 세제개편안 주요 추진과제

 

1. 잠재성장률 반등 지원

미래성장동력

 

□국내생산세액공제 신설

□국가전략기술 수소분야를 미래형 에너지 분야로 확대 개편

 

 

 

중소벤처

경쟁력

 

□중소기업 특별세액감면, 영상‧웹툰콘텐츠 제작비용 세액공제 점감구조 도입

□벤처투자 세제지원 대상 벤처기업 업력요건 완화

 

 

 

생산적금융

 

□생산적금융 ISA 도입

□r기업성장집합투자기구(BDC) 과세 특례 신설

2. 민생‧지방 지원

 

서민‧중산층

 

□EITC 소득요건 완화 및 지급액 확대

□월세 세액공제 확대

 

 

 

청년

혼인‧출산

 

□청년에 대한 월세세액공제, 퇴직연금 세액공제 확대

□청년형 생산적금융 ISA 신설

 

 

 

지방주도

성장

 

□지방을 우대하여 세제지원 강화(R&D, 투자, 중기취업자 등)

□지방 이전세제 실효성 강화

 

3. 공정과세를 위한 조세개혁 추진

 

부동산

세제

 

□비거주주택 및 일정가액 이상의 주택 등에 대한 양도세‧종부세 합리화

□거주용 1주택은 지속 보호

 

 

 

가업상속공제

 

□가업상속공제 제도 재설계(대상업종 조정, 공제요건 합리화 등)

□제3자 사업승계에 대한 세제지원 신설

 

 

 

비과세감면

정비

 

□?(종료) 하이브리드차 개소세 감면, 외국인관광객 숙박용역 부가세 환급 등

□(재정전환) 출산‧입양 및 혼인세액공제 등

□(재설계) 장기주택저당차입금 이자상환액 소득공제 거주 요건 추가 등

 

4. 세제 합리화 ‧ 납세편의 제고

 

세제

합리화

 

□자기주식 과세 체계 정비

□주가 누르기에 해당하는 상장주식 평가방법 개선

 

 

 

조세탈루

방지

 

□탈세‧은닉재산 제보 신고포상금 확대

□해외신탁 신고의무 불이행에 대한 과태료 한도 인상

 

 

 

납세편의

제고

 

□적격증빙 없는 기업업무추진비 기준금액 상향

□단기간 내 기한후 신고시 적용되는 가산세 감면 확대

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