기획재정부는 2024년 세법개정 및 시행령의 위임 사항과 주요 제도개선 사항 등을 규정하기 위해 17개 시행규칙의 개정을 추진할 계획이라고 27일 밝혔다.
 

이번 시행규칙 개정의 주요 내용을 보면, 국가전략기술 R&D 세액공제와 관련해 국가전략기술, 일반 R&D를 동시에 연구한 인력에 대해 일반 R&D 세액공제율을 적용하던 것을 50% 이상의 시간을 국가전략기술 R&D에 투입한 경우 실제 연구시간으로 안분해 국가전략기술 R&D 공제율을 적용하는 것으로 확대된다.

또, 국세·관세 환급가산금과 부동산 임대보증금 간주임대료 등 산정 시 적용되는 이자율을 정기예금 평균 이자율을 고려해 조정하고 있던 것에서 시중금리 등의 인하 추세를 반영 인하(연 3.1%)하도록 개정했다. 이는 국세·관세 환급가산금의 경우에는 규칙 시행일 이후 기간분부터 적용되고, 간주임대료는 ‘25년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도분부터 적용된다.
 

개정 시행규칙에서는 매출액 기준별로 부과하는 면세점 특허 수수료를 50% 인하하고(’24년 매출분에 부과하는 특허 수수료부터 적용), 여행자 휴대 면세주류 병수제한(2병)을 폐지하고 2리터(미화 기준 400달러 이하)로 확대하며, 종합부동산세 합산배제 미분양 주택범위 한시적으로 확대해 주택신축판매업자 소유의 미분양 주택에 대해 5년간 종부세 합산배제하던 것을 7년으로 연장한다.
 

이외에도 소재‧부품‧장비 외국법인이 주식 또는 사업‧자산 양수시 해당 금액의 5~10%를 세액공제하는 것을 현행 ｢소재부품장비산업법｣에 따른 핵심전략기술 품목을 생산하는 외국법인 인수 시 세액공제 적용에서 ｢공급망안정화법｣에 따른 경제안보 품목을 생산하는 외국법인 인수 시에도 세액공제를 적용하도록 추가된다.

수영장‧체력단련장 시설이용료 소득공제 적용기준도 구체화해 시설이용료 외 비용은 공제대상에서 제외하되, 체육시설이용료와 강습비 등 시설이용료 외 비용이 구분되지 않는 경우, 전체 금액의 50%를 공제대상인 시설이용료로 간주하도록 했다.
 

아울러 소득세법 관련해서는 건축물 멸실‧철거시 비사업용 토지 양도세 중과배제 기간을 현행 2년에서 5년으로 확대하고, 법인세법의 경우 공동경비 분담기준 합리화 차원에서 공동연구개발비 및 유형자산 공동사용료 분담기준을 마련했다.

이번에 개정된 시행규칙은 입법예고와 부처협의, 법제처 심사 등을 거처 3월 중순 경에 공포·시행할 예정이다.

다음은 이번 시행규칙 개정 관련 내용을 정리한 기재부 자료.

１. 국가전략기술 사업화시설* 범위 확대(조특칙)

* 일반시설(대/중견/중소 1/5/10%)에 비해 높은 투자세액공제율 적용

(국가전략기술 사업화시설: 15/15/25%, 신성장 사업화시설: 3/6/12%)

ㅇ (현행) 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형이동수단, 바이오의약품 7개 분야 54개* 시설
* ①반도체 20개, ②이차전지 9개, ③백신 3개, ④디스플레이 6개, ⑤수소 9개, ⑥미래형 이동수단 3개, ⑦바이오의약품 4개

ㅇ (개정안) 반도체ㆍ이차전지 부품 등 제조시설 등 58개 시설로 확대

ㅇ (적용시기) ‘25.1.1. 이후 투자하는 분부터 적용

２. 신성장 사업화시설 범위 확대

* ①미래차, ②지능정보, ③차세대S/W, ④콘텐츠, ⑤전자정보 디바이스, ⑥차세대 방송통신, ⑦바이오·헬스, ⑧에너지‧환경, ⑨융복합소재, ⑩로봇, ⑪항공‧우주, ⑫첨단 소재‧부품‧장비, ⑬탄소중립, ⑭방위산업

ㅇ (개정안) 탄소중립 분야 시설 추가하여 183개 시설로 확대
* (탄소중립 분야) 전기로 저탄소원료 활용 철강 제조시설(추가), 바이오케미칼 원료 생산시설에 바이오 합성고무 추가(확대)

ㅇ (적용시기) ‘25.1.1. 이후 투자하는 분부터 적용

３. 국가전략기술 R&D 세액공제 적용범위 확대

ㅇ (현행) 국가전략기술, 일반 R&D를 동시에 연구한 인력에 대해 일반 R&D 세액공제율 적용

ㅇ (개정안) 50% 이상의 시간을 국가전략기술 R&D에 투입한 경우 실제 연구시간으로 안분하여 국가전략기술 R&D 공제율 적용

ㅇ (적용시기) 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용

４. 국세·관세 환급가산금*, 부동산 임대보증금 간주임대료** 등 산정 시 적용되는 이자율 조정 (국기칙·소득칙·법인칙·부가칙·관세칙)

* 과오납 등에 따른 국세·관세 환급시 가산하여 환급하는 이자상당액

** 임대보증금에 대한 이자상당액에 대해 소득세ㆍ법인세ㆍ부가가치세 과세

ㅇ (현행) 정기예금 평균 이자율을 고려하여 매년 조정: 연 3.5%*
* 환급가산금 이자율(%): (’18)1.8 (’19)2.1 (’20)1.8 (‘21)1.2 (‘22)1.2 (’23)2.9 (’24)3.5

ㅇ (개정안) 시중금리 등 인하 추세* 반영 인하: 연 3.1%
* ① 1년 만기 정기예금 年평균 수신금리(%): (’23) 3.84 → (’24) 3.48
② 1년 만기 정기예금 月별 수신금리(%): (’24.11) 3.39 → (’24.12) 3.18
③ 한국은행 기준금리(%): (’23.1~‘24.8) 3.50 → (’25.2) 2.75

ㅇ (적용시기) ❶국세·관세 환급가산금 - 규칙 시행일 이후 기간분부터 적용, ❷간주임대료 - ‘25.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용

５. 면세점 특허 수수료 50% 인하

ㅇ (현행) 매출액 기준별*로 0.1~1% 부과 ➝ (개정안) 요율 50% 인하

* [현행] (2천억원 이하) 0.1% / (2천억원 초과 1조원 이하) 0.5% / (1조원 초과) 1%
[개정] (2천억원 이하) 0.05% / (2천억원 초과 1조원 이하) 0.25% / (1조원 초과) 0.5%

ㅇ (적용시기) ’24년 매출분에 부과하는 특허 수수료부터 적용

６. 여행자 휴대 면세주류 병수제한(2병) 폐지

ㅇ (현행) 최대 2병, 2리터(가격: 미화 400달러 이하)
 

ㅇ (개정안) 최대 2리터(가격: 미화 400달러 이하)
 

ㅇ (적용시기) 공포일 이후 수입하는 휴대품ㆍ별송품부터 적용

７. 종부세 합산배제 미분양 주택범위 한시적 확대

ㅇ (현행) 주택신축판매업자 소유의 미분양 주택에 대해 5년간 종부세 합산배제

ㅇ (개정안) ’25·’26년 한시적으로 합산배제 기간 연장(5년→7년)

ㅇ (적용시기) 시행일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용

□ 소재ㆍ부품ㆍ장비 외국법인 인수 세액공제* 범위 확대
* 외국법인 주식 또는 사업ㆍ자산 양수 시 해당 금액의 5~10% 세액공제

ㅇ (현 행) ｢소재부품장비산업법｣에 따른 핵심전략기술 품목을 생산하는 외국법인 인수 시 세액공제 적용

ㅇ (개정안) ｢공급망안정화법｣에 따른 경제안보 품목을 생산하는 외국법인 인수 시 세액공제 적용 추가

□ 수영장ㆍ체력단련장 시설이용료 소득공제 적용기준* 구체화(신설)
* 시설이용료 외 비용은 공제대상에서 제외하되, 시설이용료와 구분되지 않는 경우 전체 지출금액의 일정비율을 시설이용료 외 비용으로 간주

ㅇ 체육시설이용료와 강습비 등 시설이용료 외 비용이 구분되지 않는 경우, 전체 금액의 50%를 공제대상인 시설이용료로 간주

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