국세청, 연구개발특구 중소기업 사후검증 1년간 유예

국세청장, “연구개발 세정지원으로 ‘미래전략산업 성장’돕겠다”
나홍선 기자 | hsna@joseplus.com | 입력 2026-02-04 14:00:12
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▲임광현 국세청장은 4일 대덕연구개발특구 내 산업 현장을 직접 방문해 연구개발 현장의 기업인들과 간담회를 가졌다.[국세청 제공]

 

국세청은 연구개발 기업이 세무 검증에 대한 부담 없이 연구개발에만 전념할 수 있도록 연구개발특구 내 중소기업 약 1만3,500개에 대한 연구・인력개발비 세액공제 사후검증을 1년간 유예할 계획이다.

 

국세청은 또 신산업·신기술 중소기업 등 미래성장 세정지원 기업이 일시적인 자금난으로 납부기한 등의 연장을 신청할 경우 최대 9개월까지 연장하고, 최대 1억원 한도로 납세담보를 면제하는 한편 연구개발 중소기업이 ‘연구・인력개발비 세액공제 사전심사’를 신청하는 경우 접수순서와 관계없이 최우선 심사해 세무상 불확실성을 조기에 해소할 수 있도록 지원할 방침이다.

 

임광현 국세청장은 지난달 김해 수출기업, 포항 철강기업, 여수 석유·화학기업에 이어 2월 4일 대덕연구개발특구 내 산업 현장을 직접 방문해 연구개발 현장의 기업인들과 간담회를 갖고 이같은 연구개발 기업에 대한 세정지원 방침을 밝혔다.

 

이번 간담회는 대한민국 과학기술 혁신의 중심지로서 연구개발의 중추적인 역할을 담당하고 있는 대덕연구개발특구 입주 기업인들의 애로사항을 경청하고, 기업의 연구개발 활동을 세정 측면에서 지원하기 위해 마련됐다.


이날 간담회에서 임 청장은 연구개발특구 입주기업 관계자들과 함께 연구개발 기업의 경영상 어려움을 구체적으로 공유하고, 이에 대한 해법 마련을 위한 토론의 시간을 가졌다.
 

간담회에서 한 입주기업 대표는 “연구개발 기업의 특성상 연구개발 성공까지 장기간이 소요되어 경영상 어려움이 크고, 대규모의 자금 투입이 필요하다”면서 연구개발특구 입주기업에 대한 R&D 세액공제 사후관리 면제 및 자금 유동성 지원 등 적극적인 세정지원이 필요하다”고 건의했다.
 

또다른 입주기업 대표도 “연구단지에 입주한 신생기업들은 세무분야 지식이 상대적으로 부족하나, 특구 내 입주기업들이 직접 소통할 수 있는 창구가 없어 세무상 어려움이 많다”는 의견을 제시했다.
 

이에 임 청장은 “연구개발은 국가경쟁력의 핵심 동력”이라며, 기업이 세무상 어려움을 극복하고 연구개발 활동에 집중할 수 있도록 “R&D 세액공제 사후검증 1년간 유예, 신산업·신기술 중소기업에 대한 자금 유동성 지원, 세무상담 전용창구 설치 등 적극적인 세정지원을 실시하겠다”고 밝혔다. 

 

임광현 청장은 이날 간담회 마무리 발언으로 “현장중심의 세정지원이 무엇보다 중요한 시점이므로 ‘세금애로 해소센터’를 신설해 세무 관련 궁금증 해결을 지원하고, 수집된 불편사항은 제도개선에 반영하는 등 기업하기 좋은 환경 조성을 위해 최선의 노력을 다하겠다”고 밝혔다.

임 청장은 이어 “앞으로도 국세청은 현장 소통을 강화하고 기업이 체감할 수 있는 세정지원 방안을 지속적으로 마련하는 등 우리 경제의 안정적 성장을 뒷받침할 수 있도록 적극 노력할 것”이라고 덧붙였다.

 

이날 간담회에서의 기업들의 건의에 대한 국세청의 구체적인 지원 방안은 다음과 같다.

1. 연구개발 기업의 세무부담 최소화
❶ 국세청은 연구개발 기업이 세무 검증에 대한 부담 없이 연구개발에만 전념할 수 있도록 연구개발특구 내 중소기업(약 13,500개*)에 대한 연구・인력개발비 세액공제 사후검증을 1년간 유예할 계획이다.
* 대덕특구 등 6개 광역특구(11,800여개), 13개 강소특구(1,700여개)
❷또한, 신산업·신기술 중소기업 등 미래성장 세정지원 기업이 일시적인 자금난으로 납부기한 등의 연장을 신청할 경우 최대 9개월까지 연장하고, 최대 1억원 한도로 납세담보를 면제한다.
❸아울러연구개발 중소기업이 「연구・인력개발비 세액공제 사전심사*」를 신청하는 경우에는 우선처리 대상에 포함하여 접수순서와 관계없이 최우선 심사하여 세무상 불확실성을 조기에 해소할 수 있도록 지원할 방침이다.
* 기업의 연구・인력개발 지출 비용이 세액공제 적용 가능한지 여부를 사전에 확인해 주는 제도
 

2. 연구개발 기업의 현장중심 지원 강화
❶ 대전지방국세청은 ‘R&D 기업 전용 상담창구(핫라인)’를 운영하여 연구개발 활동 및 공제대상 비용 여부 등 세액공제 관련 문의에 신속하게 대응할 예정이다.
- 더불어, 대덕연구개발특구 중소기업을 위해 공제・감면* 및 가업상속공제 등에 대한 찾아가는 설명회와 방문 컨설팅을 실시해 실질적으로 도움이 되는 세제 혜택을 놓치지 않도록 꼼꼼히 챙길 방침이다.

* 사업 단계별(창업, 투자・자금조달, 사업수행, 재무구조 개선) 맞춤형 세정지원 안내
❷ 이와 함께 신생 연구개발 기업들을 대상으로는 R&D 세액공제 가능 여부를 판단하는데 도움이 되도록 현장 방문설명회를 실시하고, 「연구・인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인」 책자 등 연구개발 관련 도움자료를 다양하게 제공할 계획이다.
 

3. 연구개발 기업의 지속 성장을 뒷받침하기 위한 노력
❶ 국세청은 연구개발 기업이 지속적으로 성장・발전할 수 있도록 세액공제 확대, 사전심사 신청기업에 대한 인센티브 지원 등 법령・제도 개선 방안을 재정경제부, 과학기술정보통신부 등 유관기관과 적극 협의해 나갈 계획이다.
❷ 또한, R&D 세액공제 외의 다른 공제・감면 적용에 어려움을 겪고 있는 중소법인의 성실신고를 지원하기 위해 「법인세 공제・감면 컨설팅」 제도를 지속 운영하고, 적용 가능한 공제・감면 항목도 선제적으로 안내할 방침이다.

▲임광현 국세청장이 4일 대덕연구개발특구 입주 기업인들과 간담회를 가진 후 기념촬영을 하고 있다.

 

 

참고 1

 

연구인력개발비 세액공제 제도

 

□ 제도 개요
○(제도개요) 연구・인력개발 활동을 통한 기업의 성장을 지원하기 위해 연구 및 인력 개발에 지출한 비용에 일정 비율을 적용하여 법인세·소득세를 공제
 

□ 세액공제 대상 및 요건
○(공제대상)연구개발을 위해 지출한 인건비, 재료비 등 조특령 제9조 제3항·제7항 및 [별표6]에 해당하는 비용
○ (공제요건) 형식적 요건과 실질적 요건 모두 충족 필요
①(형식적 요건)연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서를 갖출 것
②(실질적 요건)기업이 수행하는 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항의 연구·인력개발 활동에 정의*에 부합할 것
 * “연구개발”이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동
○(공제율)일반 연구개발, 신성장・원천기술*, 국가전략기술**로 구분하여 해당 지출비용의 최대 50%까지 공제
 *로봇, 항공・우주, 방위산업 등 조특령 [별표7]에 열거된 14개 분야, 273개 기술
**반도체, 이차전지, 인공지능 등 조특령 [별표7의2]에 열거된 8개 분야, 78개 기술

연구인력개발비 세액공제율 

구분

일반 R&D*

신성장원천기술

(당기분 방식)

국가전략기술

(당기분 방식)

당기분 방식

증가분 방식

중소기업

25%

50%

3040%

40~50%

중견기업

8%~20%

40%

2035%

30~45%

일반기업

02%

25%

20~30%

30~40%

*기업은 당기분 방식과 증가분 방식(직전연도에 지출한 연구개발비를 초과하는 금액에 대해 공제) 중 선택하여 공제

 

참고 2

 

연구인력개발비 세액공제 사전심사 제도

○ (제도개요) 국세청이 납세자의 신청에 의해 연구・인력개발비 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도
○ (신청인) 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 개인사업자
○ (신청대상)연구개발 활동 해당 여부 및 연구・인력개발에 지출한 비용
○ (신청기한) 법인세(소득세) 신고 전까지 사전심사 신청
- 신고기한이 경과된 이후라도, 세액공제 신청 누락분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 신청 가능
○ (제도혜택) 심사 결과에 따라 세액공제를 신청한 경우 사후관리 제외 및 과소신고가산세 면제
○ (신청방법)홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과)를 통해 신청(또는 재심사 신청)

홈택스 > 증명등록신청 > 소득법인세 관련 신청신고 > 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 신청

- (홈택스 신청시) 심사 진행상황 확인, 신청서류 제출 자가검증 체크리스트 제공, 사전심사 결과 공유 세무대리인 지정 등 다양한 편의기능을 제공

 

참고 3

 

법인세 공제감면 컨설팅 제도

○ (제도개요) 공제·감면을 적용받고자 하는 중소법인에게 공제・감면 가능 여부와 금액을 사전에 확인해 주는 제도
○ (신청대상) 중소기업이 어려워하는 공제·감면 항목에 대해 컨설팅 제공
○ (신청기간) 기업이 고용·설비투자 등 의사결정 단계 또는 초기 단계에서도 바로 신청, 경정청구 전에도 가능
○ (처리결과) 지방청 전담부서에서 신청한 날부터 2개월 이내 컨설팅 결과를 통지
○ (제도혜택) 컨설팅 결과에 따라 세액공제를 신청한 경우 사후관리 대상 제외 및 과소신고가산세 면제
○ (신청방법)홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과)를 통해 신청

홈택스 > 증명등록신청 > 소득법인세 관련 신청신고 > 법인세 공제감면 컨설팅

 

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