▲ChatGPT를 이용해 그린 삽화

농업법인에 대한 지방세 감면 제도는 농업법인의 창업을 촉진하여 농업경영의 활성화를 통해 농업생산성을 향상시키고, 신규 설립 농업법인의 세부담을 경감해 농업법인을 통한 농촌 인력의 부족현상을 보완하기 위한 취지에서 도입되었다. 따라서 농업법인(영농조합법인 및 농업회사법인)이 영농 등에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 및 재산세의 감면에 대하여 규정하고 있다.

1. 감면 대상자
농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에 대해 농업법인으로 정의하고 있는데, 해당 농업법인이 취득자이자 소유자로서 일정 요건을 충족하면 감면 대상자에 해당할 수 있다. 

2019년까지는 농업법인에 대해 별다른 요건을 두지 않았으나, 2020년부터 감면대상 농업법인에 대한 정의를 ‘농업경영정보 등록을 한 법인’으로 한정하였다. 

다만, 2019년 이전에 설립한 법인에 대해서는 부칙 규정을 두어 농업경영정보 등록을 완료한 경우라면 2년 이내에 취득하는 농지 등에 대해 100퍼센트 감면을 유지(제8항)하고, 그 외의 취득의 경우에는 2020년말까지 제1항에 따른 감면을 적용(제11항)하도록 조치를 하였다. 

따라서, 2021년 이후에는 세목별과세물건별 납세의무 성립시점 이전(설립법인의 경우 설립일로부터 90일 이내 농업경영정보 등록한 경우까지 포함)까지는 해당 등록을 완료한 경우라야 감면이 가능하다.

한편, 당초 주식회사로 설립된 법인을 농업회사법인으로 변경등기를 한 경우에도 그 법인은 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인으로 보는 것이 타당하므로, 그 법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 농업법인 감면대상에 해당한다(지방세특례제도과-3530, 2015.12.24.). 

그러나, 농업법인으로 변경 전에 취득한 부동산에 대해서는 취득세 납세의무 성립 당시 농업법인이 아니었으므로 동 규정을 적용할 수 없다(지방세특례제도과-930, 2020.4.28.).

2. 감면 요건
취득세의 경우 설립 후 취득기간, 영농 여부에 따라 감면율이 달리 적용되므로 이를 구분하여 감면요건을 살펴보도록 한다.

1) 일반 농업법인(법 ②)
농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세를 50퍼센트 경감한다.
 

여기서 영농·유통·가공의 범위를 어디까지 보아야 하는지에 대해서는 살펴보면, 「농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제3조 제1호에서는 농업의 범위를 “농작물재배업{식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자·묘목 재배업(임업용 종자·묘목 재배업은 제외한다)}, 축산업, 임업”으로 규정하고 있으며, 

「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조 제1항에서는 “협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·유통·가공·수출 및 농어촌 관광·휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 5인 또는 「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다”고 규정하여 영농조합법인이 영위할 수 있는 사업을 (i)농산물의 출하·유통·가공·수출과 (ii) 농어촌 관광·휴양사업으로 구분하고 있다. 

이러한 관련법령의 규정을 감안하면, 「지방세특례제한법」 제11조 제1항 및 제2항에서 영농조합법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 함은 농산물의 재배나 이와 관련된 농산물의 유통·가공을 위하여 취득하는 부동산에 한정하여야 한다.

한편, 영농의 의미는 「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제1호 및 같은 법 시행령 제2조에서 규정하는 농작물 재배업·축산업·임업 등을 직접 경영하는 것을 말하며, 사전적 의미로도 농작물을 효율적으로 재배하고 이를 수확하는 활동을 의미(조심 2013지425, 2013.9.16. 같은 뜻임)하는 것이며, 법인이 농산물을 재배하고 있다 하더라도 이를 공동으로 출하하거나 유통한 사실이 확인되지 않거나, 이를 체험학습장업 등의 용도로 사용하였다면 이를 농업회사법인이 영농활동을 하였다고 보기는 어렵다고 할 것(조심 2018지2254, 2019.1.15. 같은 뜻임)이다.

그간 영농·유통·가공의 범위에 대한 사례를 열거해 보면 아래와 같다.

2) 신규 농업법인(법 ①)

농업법인이 (가)일정기간 이내에 (나)특정 목적에 사용하기 위해 (다)일정 기준에 따라 취득하는 (라)농지 등에 대해서는 (1)에도 불구하고 취득세를 75퍼센트 경감한다[아래 (가)-(라)의 요건을 모두 충족하는 경우에 한해 해당 규정을 적용한다]. 

해당 요건을 모두 충족하는 경우라도 재산세는 동 규정에 따른 감면세목이 아니므로 (1)에 따른 50퍼센트를 적용한다.
 

(1) 기간 요건
일반 농업법인은 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 경우로 한정한다. 그러나, 청년농업법인에 해당하는 경우에는 법인설립등기일부터 4년 이내에 취득하는 경우까지 동 규정에 따른 고율의 감면을 적용하는데, 청년농업법인이라 함은 대표자가 34세 이하이면서 지배주주에 해당하는 경우를 말한다.

(2) 사용 목적
영농에 사용하기 위한 경우로 한정한다. 

타 용도에 사용할 목적으로 취득하는 경우에는 다른 요건들을 충족하더라도 감면을 적용할 수 없으며, 영농이 아닌 유통·가공에 사용하는 경우에는 2년 내에 취득하는 경우라 하더라도 제2항에 따른 50퍼센트 감면을 적용 받는다.

(3) 취득물건 소재지
도시지역(개발제한구역과 녹지지역은 제외한다) 외의 지역에 있는 물건을 취득하는 경우라야 한다. 

개발제한구역과 녹지지역에 해당하지 아니하는 도시지역 내에 있는 물건을 취득하는 경우로서 나머지 요건을 모두 충족하는 경우에는 제2항에 따른 50퍼센트 감면을 적용한다.

(4) 감면대상 물건
농지 및 농지조성용 임야, 농업용 시설에 한정한다. 

농지는 공부와 현황이 모두 농지인 경우만 해당하고, 임야는 농지조성을 목적으로 취득하는 경우만 해당하므로 자경농민 감면에서 규정하는 농지 및 임야(법제6조제1항)와 동일하며, 농업용 시설도 자경농민 감면에서 규정하는 농업용 시설(법제6조제2항)과 동일하다. 

열거하지 아니한 그 외 부동산을 취득하는 경우로서 나머지 요건을 모두 충족하는 경우에는 제2항에 따른 50퍼센트 감면을 적용한다.

3) 추징 및 사후관리
정당한 사유 없이 취득일부터 1년 경과시까지 해당 용도로 직접 사용하지 않는 경우, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여 또는 타 용도로 사용하는 경우, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 해산명령을 받은 경우에는 감면된 취득세를 추징한다(법 제3항). 

농업법인이 감면받은 부동산을 감면 목적에 부합하도록 장기적으로 사용하도록 하고 농업 이외의 목적으로 지방세를 감면받지 못하도록 하기 위한 목적으로 2015년부터 추징 규정을 강화(3년)하였으며, 2017년부터는 취득 후 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 법원의 해산명령을 받은 경우 감면분을 추징하도록 사후관리규정을 한층 더 강화하였다.

한편, 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위해 취득한 부동산 중 과세기준일 현재 그 일부만 직접 사용하고 있는 경우에는 법문상 명확한 규정이 없더라도 직접 사용하지 않는 부분에 대해서만 취득세를 추징토록 규정 등에 비추어 볼 때, 재산세도 직접 사용하고 있는 부분에 대해서는 감면을 적용한다(대법원 2018두42153).

감면추징 유예기간 내에 농업법인에서 일반회사법인의 형태로 변경된 경우 해당 법인이 감면대상 물건을 취득한 후 감면대상 용도인 영농, 유통, 가공에 사용하고 있다고 하더라도 농업회사법인이 감면추징 유예기간 내에 감면대상 용도에 직접 사용하지 않았으므로 추징대상에 해당된다(지방세운영과-1483, 2010.4.12.). 

그러나, 외형은 농업법인을 유지하면서 단순히 감면 요건에서 이탈(예: 농업인 5인→4인)하는 경우에는 추징대상에 해당하지 아니한다(지방세특례제도과-1497, 2017.11.2.)

물류창고 및 작업장으로 불법사용하거나 공실 상태로 방치하는 경우(조심 2009지0862), 취득 전 이미 식재되었던 감귤나무를 그대로 방치한 경우(대법원 2020두55961), 단순히 나무를 식재만 한 후 방치한 경우(조심 2009지0099), 농업회사 법인의 임직원이 아닌 자가 영농을 하는 경우(대법원 2019두59806) 등에 대해서는 영농 등에 직접 사용한 것으로 볼 수 없으므로 추징대상이 된다.

취득세 감경(법 제11조제1항제2호)을 받을 수 있는 농업법인은 농어업경영체법에 따른 농업법인 가운데 부동산 취득 시점에 농업경영정보를 ‘등록한’, 즉 등록을 이미 마친 농업법인으로 한정된다고 봄이 타당하고, 취득세의 법정신고기한 내에 농업경영정보를 등록한 경우(2021.9.17. 취득, 2021.10.22. 등록)까지 적용된다고 볼 수는 없다(대법원 2024두42420, 2024.9.12. 심불).

장상록 안진세무법인 부대표    (법학박사,경영학박사, 부동산학박사) ◇ 경력 現) 한국세무사회 세무연수원 교수 現) 한국조세연구포럼 부회장 現) 한국세무회계학회 부회장 現) 한국조세정책학회 부회장 現) 한국지방세학회 부회장 現) 대한세무학회 부회장 現) 법제처 국민법제관 現) 안진세무법인 부대표 ◇ 저서 취득세 이해와 중과세해설(도서출판 탐진, 2024, 2025) 부동산보유세 이해와 실무(도서출판 탐진, 2025) 취득세 이해와 실무(도서출판 탐진, 2023) 개발부담금 이해와 실무(도서출판 탐진, 2023) 부동산개발 세무실무(도서출판 탐진, 2022) 취득세 해설과 신고실무(도서출판 탐진, 2020 2022) 산업단지 입주기업 지방세감면실무(북랩, 2020) 지방세 세무조사 실무(삼일인포마인, 2017 2019) 지방세 체납정리 실무(삼일인포마인, 2015 2017) 사회복지법인의 세무와회계실무(세연T&A, 2013)

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