연구.인력개발비(R&D) 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해 주는 ‘사전심사 제도’를 운영, 기업이 연구·인력개발 활동에 전념하도록 지원하고 있는 국세청은 올해 3월 법인세 신고 전까지 심사받으면, 신고에 즉시 반영이 가능하다면서 ‘연구･인력개발비 세액공제 사전심사’를 적극 신청하도록 촉구하고 있다.  

30일 국세청에 따르면 납세자는 사전심사 결과에 따라 신고하면 ❶신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되고, ❷추후 심사결과와 다르게 과세처분 되더라도 가산세가 면제되는 혜택을 받을 수 있다.

사전심사는 연중 상시 신청 가능하며, 법인세 신고기한 전까지 통지받은 심사결과는 신고에 즉시 반영 가능하다.

또한, 기업이 이미 지출한 비용뿐만 아니라 장래 지출이 확실한 비용과 일부 연구과제에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있다.

올해는 우편·방문접수만 가능했던 보완서류를 홈택스를 통해 제출 가능하도록 했고, 사전심사 진행 상태를 신청자가 조회할 수 있는 전산화면을 개발하는 등 편의성을 더욱 강화했다.

국세청은 사전심사 제도를 통해 세무상 불확실성을 해소하여 기업의 연구･인력개발 활동을 지원하고 있다면서 납세자들의 적극적인 신청을 바라고 있다. 한편 세액공제 사전심사 신청추이를 보면, ’20년 1,547건 →’21년 2,332건 →’22년 2,439건으로 매년 증가하고 있다.

□(연구.인력개발비 세액공제) 내국인이 각 과세연도에 연구.인력개발비로 지출한 금액에 일정 비율을 곱한 금액을 법인세(소득세)에서 공제하는 조세지원 제도입니다.

○연구·인력개발비 세액공제는 기업들의 조세절감 효과가 큰 제도로써 기업의 연구･인력개발을 촉진하여 기업의 성장잠재력을 확충하기 위한 목적으로 운영되고 있습니다.

□(연구.인력개발비 세액공제 사전심사)연구.인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국인의 신청에 따라 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해 주는 제도로서 2020년부터 시행하고 있습니다.

○연구·인력개발비 세액공제는 연구·인력개발 활동 여부, 공제대상 비용 범위에 대하여 납세자와 과세관청 간 이견이 종종 발생합니다.

○세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되는 경우 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있습니다.

○국세청은 사전심사 제도를 통해 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화하여 기업의 연구･인력개발 활동을 지원하고 있습니다.

□신청인이 사전심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영하여 법인세(소득세)를 신고한 경우 아래와 같은 혜택이 있습니다.

❶사전심사 신청 내용에 대해서는 신고내용 확인* 및 감면사후관리** 대상에서 제외됩니다.

*사업자의 신고내용 중 특정 항목의 오류 또는 누락 혐의에 대하여 서면으로 해명 및 수정신고를 안내하여 신고내용의 적정 여부를 확인하는 업무

**감면요건의 일치 또는 중복공제·감면 여부 및 사후 법적의무의 이행여부를 서면 또는 현장확인 방법으로 관리하는 제도

❷세무조사 등으로 인해 심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고가산세가 면제됩니다.

□(신청인)연구.인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자(개인사업자)가 신청할 수 있습니다.

□(신청기한)연구.인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 경우, 법인세(소득세) 신고 전까지 사전심사를 신청할 수 있습니다.

○법인세(소득세) 신고 후에는 세액공제 신고누락분에 대하여 경정청구, 수정신고, 기한후신고 이전까지 사전심사를 신청할 수 있습니다.

□(신청 범위)연구.인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능하며 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 가능합니다.

○세액공제 여부에 대한 불확실성을 조기에 해소하기 위해 ’22.7월부터는 비용이 확정되지 않더라도 연구개발 활동여부(기술검토)만도 신청할 수 있도록 개선하였습니다.

○다만, 세액공제를 이미 신청한 사항, 보완 요구에 대해 보완하지 아니한 사항, 정당한 사유 없이 답변이나 자료 제출을 거부하는 등의 경우 심사에서 제외될 수 있습니다.

□(신청서류)연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖의 공제대상 연구.인력개발비임을 증명하는 서류를 제출해야 합니다.

□(신청방법)홈택스(www.hometax.go.kr)*, 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과)를 통해 신청(재신청) 할 수 있습니다.

*홈택스 : 신청/제출 > 신청업무 > “연구·인력개발비 사전심사 신청”

○홈택스 신청의 경우 공인인증서를 통해 로그인 하여야 신청 가능합니다.

○국세청 심사과정에서 서류보완을 요청받는 경우, 동일한 홈택스 화면을 통해 보완서류를 제출할 수 있습니다.

| 홈택스 사전심사 신청 및 확인 메뉴 |

※【참고3】홈택스 연구·인력개발비 사전심사 관련 화면(17p)

□(심사 내용)국세청은 사전심사를 신청한 연구.인력개발비에 대하여 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토합니다.

❶(기술검토)신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항의 연구개발*에 해당하는지 여부

*과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동

❷(비용검토)신청인이 연구.인력개발에 지출한 금액이 조세특례제한법 제10조에서 정한 공제 대상 금액인지 여부

*연구·인력개발비 세액공제는 기술종류에 따라 세액공제율을 차등 적용하며, 신성장·원천기술과 국가전략기술 해당 여부에 대한 분류는 한국산업기술진흥원(KIAT)에서 심의 ⇒한국산업기술진흥원(http://taxcredit.kiat.or.kr)에서 신청 가능

□(심사 관할) 기술검토는 본청 공익중소법인지원팀에서, 비용심사는 기업규모별로 구분하여 중소기업은 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 일반기업은 본청 공익중소법인지원팀에서 심사를 담당합니다.

□(서면심사 원칙)신청인의 편의를 위해 비대면 방식으로 하는 서면심사를 원칙으로 합니다.

○국세청 심사는 ① 서류확인(보완요청) ② 서면심사(기술·비용검토) ③ 현장확인(필요시) ④ 검토보고서 작성 ⑤ 결과통지 순으로 진행됩니다.

○제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우에는 보완을 요구하거나 현장확인이 진행될 수 있습니다.

○심사담당자는 진행과정에서 신청인에게 사전심사의 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구.인력개발비 세액공제에 대한 세무컨설팅을 제공합니다.

□(재심사 요청)국세청 심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한하여 재심사를 요청할 수 있습니다.

| ｢연구·인력개발비 세액공제 사전심사｣ 업무 흐름 |

□(신청자 편의성 강화)기존에 우편·방문접수만 가능했던 보완서류를 홈택스에서도 제출 가능하게 개선하고, 신청 후 사전심사 진행 상황을 직접 확인할 수 있도록 전산 조회화면을 개발하는 등 편의성을 더욱 강화하였습니다.

❶신청인이 심사과정에서 언제든 연구활동에 대한 증빙자료를 추가로 제출할 수 있도록 홈택스 시스템을 개선하였습니다.❷그 동안 사전심사 담당자와 진행상황을 파악할 수 없다는 신청인애로사항을 반영하여, 홈택스에 5단계로 세분화된 진행상황 조회화면을 개발하였습니다.

| 홈택스 사전심사 5단계 진행상황 |

□(간이계산기 제공)홈택스 신청화면에서 제공하는 간이계산기를 통해 연구활동을 하는 기업은 관련 지출에 대한 연구·인력개발 세액공제 가능한 금액을 간편하게 계산해 볼 수 있습니다.

□(제출서류 간소화)신청기업이 연구활동 입증자료 준비에 어려움이 없도록 자체 수집이 가능한 연구소 인정서 등을 제출서류에서 제외하였습니다.

| R&D 사전심사 제출서류 간소화 내용 |

□(신청서류 보안 강화)신청기업이 안심하고 증빙서류를 제출할 수 있도록 열람권한을 심사담당자로 제한하는 등 보안을 강화하여 제출자료를 철저히 관리할 예정입니다.

□국세청은 사전심사 전문성 강화 등을 통해 제도를 내실있게 운영하여, 연구.인력개발 세액공제 신고에 대한 불확실성을 해소하고, 기업의 성실신고를 지원하도록 하겠습니다.

○이를 위해 기존에 지방청에서 실시하였던 중소기업에 대한 기술심사를 본청의 각 분야별 기술심사관*이 담당함으로써, 일관성 있고 전문적인 심사서비스를 제공할 예정입니다.

* 기계·장비, 전기·전자, 화학, 건축·토목, 정보통신, 디자인·콘텐츠 등 총 8명 운영

○더욱 많은 기업들이 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 이용할 수 있도록 사전심사 가이드라인 및 신청안내 리플릿을 배포하는 등 적극적인 홍보활동을 실시하겠습니다.

○중소기업중앙회, 대한상공회의소 등 유관기관과 세무대리인을 대상으로 간담회를 개최하여 의견을 수렴하고, 제도 개선에 관한 건의사항을 적극 반영하겠습니다.

※기타 문의사항은 국세청 공익중소법인지원팀(지원4팀)으로 연락주시기 바람.

(☎ 044-204-3923∼9)

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