국세청, 세무조사 패러다임 대전환!!…정기 세무조사, 4월부터 납세자가 원하는 시기에 받는다

임광현 국세청장, 한국경제인협회 간담회에서 세무조사 혁신방안 발표
나홍선 기자 | hsna@joseplus.com | 입력 2026-04-02 12:00:57
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 한국경제인협회 초청 간담회에서  임광현 국세청장(앞줄 왼편 네번째)이 인사말을 하고 있다.<사진=국세청>

임광현 국세청장은 42() 한국경제인협회 초청 간담회에 참석하여, 중동전쟁 장기화, 글로벌 공급망 재편 등 대외 불확실성으로 인한 기업의 어려움과 건의사항을 청취했다.  

이에 대해, 국세청은 석유화학 등 중동전쟁으로 위기에 처한 업종에 대한 법인세 납부기한 연장 및 세무조사 착수 보류, 해외진출 기업의 이중과세 해소를 위한 상호합의 회의 활성화 및 양자 교류 확대 등의 지원방안을 제시했다.

 

나아가, 이 날 간담회에서 국세청은 기업부담 완화를 위하여 개청 60주년인 2026년을 세무조사 대전환의 원년으로 선포하고, 세무조사 운영방식을 근본적으로 혁신하기 위한 방안을 발표했다.

 

임광현 국세청장은 기업의 성장이 곧 경제성장이라는 국민주권정부의 친()기업 기조에 발맞춰, 납세자의 관점에서 세무조사를 합리적으로 재설계할 것이며, 특히 정기검진 성격의 정기 세무조사는 납세자가 조사 시기를 직접 선택할 수 있도록 할 것이라고 밝혔다.

 

또한, “세무조사에서 주로 검증하는 항목 10개를 공개하여 신고할 때부터 납세자가 스스로 점검할 수 있도록 지원하고, 세무조사를 받을 때도 관련 자료를 미리 준비할 수 있을 것이라고 설명했다.

 

류진한국경제인협회 회장 역시 기업에게는 예측불가능성이 가장 큰 리스크인데, 조사 시기와 절차를 예측할 수 없으면 부담이 훨씬 가중된다라며, “이번 혁신방안이 기업하기 좋은 환경을 만드는데 이바지할 것으로 기대한다고 말했다.

 

국세청은 기업 사무실에 몇 달씩 머물며 진행하던 조사 관행을 혁파하고, 꼭 필요한 경우에만 기업에 상주하는 현장 상주조사 최소화를 작년부터 전격 시행 중이다.

 

이제 한 단계 더 나아가, 정기 세무조사 시기선택제중점검증항목 사전공개를 실시하여, 기업의 예측가능성을 대폭 제고함으로써 세무조사의 패러다임을 근본적으로 전환할 계획이다.

 

다만, 이러한 세무조사 혁신은 조사를 하는 방식을 납세자 관점에서 재설계하는 것으로, 세무조사의 본질적 기능인 탈루혐의 검증은 기존과 같이 엄정하게 진행된다.

 

임광현 국세청장(앞줄 왼쪽 여섯 번째)이 서울 여의도 FKI타워 컨퍼런스센터에서 한국경제인협회와 경제계 소통 간담회를 갖고 기념촬영을 하고 있다

 

참고

 

간담회 개요

방문 개요

(일시) 2026.4.2.() / 10:4011:40 (1시간)

(장소) 여의도 FKI타워 컨퍼런스센터 3층 에메랄드룸

참석

국세청장, 법인·조사국장 등 본청 국·과장

한경협 류진 회장, 김창범 상근부회장, 주요 기업 대표이사 임원 13

주요 논의사항

중동전쟁 대외 불확실성으로 인한 기업어려움과 이에 대한 지원방안

기업부담 완화를 위한 세무조사 개편 방향

이번 간담회에서 발표된 세무조사 혁신방안은 다음과 같다.

 

1

 

정기 세무조사 시기선택제전면 시행

 

그간 주기적으로 검증을 받는 정기 세무조사라 하더라도, 국세청이 조사시기를 결정하면 납세자는 천재지변 등이 아닌 경우 이를 수용해야 했다. 이에 대해 기업들은 세무조사를 받더라도 결산주주총회 등 경영상 중요한 시기는 피했으면 좋겠다고 애로사항을 토로하기도 했다.

 

이제 국세청은 정기 세무조사 대상자가 3개월 내에서 조사 착수 시기를 직접 선택할 수 있도록 하는 시기선택제를 4월부터 전면 시행한다.

 

정기조사 대상자로 선정된 납세자는 안내문을 받고 3개월 범위 내에서 월 단위(12순위)로 조사 시기를 선택할 수 있으며, 실제 조사 착수 20일 전까지 기존과 같이 정식 사전통지도 받게 된다.

 

이를 통해 기업은 경영상 중요한 시기를 피해 조사를 받을 수 있고, 실제 조사를 받을 때는 세무적 이슈에만 집중할 수 있게 된다.

 

이번 조치는 대부분의 기업이 ERP 시스템을 사용하고, 국세청의 과세인프라도 대폭 발전하여 투명한 자료관리와 검증이 가능해진 상황에서, 그동안 관행처럼 실시하던 세무조사도 납세자의 입장에서 근본적으로 재검토한 것으로, 국민중심의 세정운영을 향해 본격적으로 내딛는 첫 걸음이라는 의미를 갖는다.

 

2

 

중점검증항목사전 공개

 

아울러, 국세청은 세무조사 과정에서 반복적으로 과세되는 10개 유형을 중점검증항목으로 선정하여 공개했다.

 

최근 조사 실적을 분석하여 자주 과세되는 핵심유형을 선별하였으며, 유형별로 유의사항, 실제 과세사례, Q&A 등을 국세청 홈페이지1)에 공개하고, 조사 착수 시 안내자료2)로 제공한다.

 

1)국세청 홈페이지(www.nts.go.kr) 국세정책/제도 세무조사 제도 세무조사 중점검증항목

2)세무조사 (사전)통지 시 제공되는 세무조사 가이드북을 통해 안내

 

이를 통해 법인세·소득세 신고 시에 스스로 신고 내용을 점검할 수 있고, 세무조사 시에는 주로 검증하는 항목에 대한 관련 자료를 미리 준비할 수 있어 납세자의 부담이 획기적으로 줄어들 것으로 기대된다.

 

국세청은 작년 시행한 현장 상주조사 최소화와 더불어, 정기 세무조사 시기선택제, 중점검증항목 사전공개를 안정적으로 정착시키고, 아울러, 앞으로도 조세정의 확립을 위해 세무조사는 엄정하게 실시하되, 기업 현장의 목소리를 경청하여 조사방식은 최대한 합리적이고 예측가능하도록 혁신해 나갈 계획이다.

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