국세청은 ’20년부터 연구·인력개발비 세액공제 신청의 적정여부를 전담팀이 사전에 확인해주는 ｢연구·인력개발비 세액공제 사전심사｣ 제도를 운영하여 기업의 연구개발활동을 지원하고 있다.

지난해에는 총 2,440개 기업이 사전심사를 신청하여 제도가 도입된 ’20년 1,547건 대비 신청 건수가 약 58% 증가했으며, 국세청은 수출중소기업 등 미래성장 세정지원기업에 대해 우선심사를 실시했다.

금년에는 연구개발활동 지원을 강화하기 위해 ‘혁신성장유형 벤처기업 확인 목적’, ‘신성장·원천기술’ 관련 심사신청을 우선심사 대상에 추가했으며, 법인세(소득세) 신고 등에 적시 활용할 수 있도록 신청인이 지정하는 세무대리인에게도 심사결과를 자동 통보하도록 개선했다.

사전심사는 홈택스, 지방국세청(법인세과)·세무서(민원실)를 통해 연중 언제나 신청이 가능하며, 이번 법인세(소득세) 신고기한 이전에 미리 신청하시면 심사결과를 신고내용에 신속히 반영할 수 있다.

심사결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 국세청의 신고내용 확인 및 감면 사후관리 대상에서 제외되며, 이후 심사결과와 다르게 과세처분 되더라도 과소신고 가산세를 면제한다.

국세청은 납세자들이 국세청 누리집(www.nts.go.kr)에 게시된 ‘사전심사 가이드라인’ 및 다양한 심사사례와 온라인 설명회*(2.23.)를 참고하고, 사전심사를 적극 활용하여 세무상 불확실성을 해소하기를 바라고 있다.

* 온라인설명회 참가신청 페이지 링크 : https://taxstudy.nts.go.kr/frnt/H100021/taxEduc/renew/list.do

 □(신청인) 사전심사는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자(개인사업자)가 신청할 수 있습니다.

□(신청기한)이번 법인세(소득세) 신고 시 세액공제를 적용받고자 하는 경우, 신고 전까지 사전심사를 신청하시면 됩니다. 다만, 신고 기한에 임박한 신청의 경우 결과가 지연될 수 있으므로 가급적 조기에 신청하시기 바랍니다.

○ 신고 이후라도, 세액공제 신청 누락분에 대해서 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 신청이 가능합니다.

□(신청방법)홈택스(www.hometax.go.kr)*, 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과)를 통해 신청(재신청) 할 수 있습니다.

*홈택스 로그인 > 국세증명·사업자등록 세금관련 신청/신고 > 소득·법인세 관련 신청·신고 > 연구·인력개발비 사전심사 신청

○ 홈택스로 신청할 경우 1)심사 진행상황 확인, 2)신청서류 체크리스트 제공, 3)사전심사 결과를 공유할 세무대리인 지정 등 다양한 편의기능이 있습니다.

ㅣ홈택스 신청화면 : 사전심사 결과를 통보받을 세무대리인 지정ㅣ

□(제출서류)｢연구·인력개발비 사전심사 신청서｣, ｢연구개발비 명세서｣, ｢연구개발 보고서｣, 기타 공제 대상임을 입증할 수 있는 서류(｢연구노트｣, ｢급여대장｣, ｢재료비 집행내역｣ 등)를 제출해야 합니다.

○ 신청 시 제출서류뿐만 아니라 보완서류도 홈택스로 제출 가능하며, 연구소 인정서, 지식 재산권 등록자료 등 국세청이 자체 수집 가능한 자료는 신청 시 제출하지 않으셔도 됩니다.

□(심사 내용)국세청은 사전심사 신청 건에 대하여 세법상 연구개발 해당여부와 비용 적정성, 두 가지 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토합니다.

□(신청 대상)여러 가지 연구과제가 있는 경우 세부 과제별로 여러 번 신청할 수 있고, 연구개발활동 여부 심사만 별도로 신청하는 것도 가능합니다.

○ 다만, 세액공제를 이미 신청하였거나 정당한 사유 없이 답변이나 자료 제출을 거부하는 등의 경우 해당 신청 건은 심사에서 제외될 수 있습니다.

□(서면심사 원칙)신청인의 편의를 위해 비대면 서면심사를 원칙으로 합니다.

○ 심사담당자는 제출된 서류만으로 정확한 판단이 어려울 경우 보완을 요구하거나 신청인 동의 하에 현장 확인을 할 수 있습니다.

○ 제출하신 모든 문서는 암호화하고 열람 권한을 심사 담당자로 제한하는 등 철저히 관리*하고 있으므로, 정보보안에 대해 염려하지 않으셔도 됩니다.

*서류제출 시 보호 대상이 되는 영업비밀, 구체적 수치 등은 가리거나 제거 후 제출 가능

□ (결과 통지) 결과통지 전 담당자는 신청인에게 연락하여 심사 내용에 대한 상세한 설명과 보완사항을 안내해드립니다.

○ 또한, 올해부터는 신청인이 지정한 세무대리인에게도 심사 결과를 통지하여, 신속·편리하게 사전심사 결과를 법인세(소득세) 신고에 반영 가능합니다.

□ 신청인이 사전심사 결과에 따른 연구·인력개발비 세액공제 금액을 반영하여 법인세(소득세)를 신고할 경우, 아래와 같은 효력*이 부여됩니다.

* 단, 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 조세탈루혐의가 있는 경우는 제외

❶ 심사신청 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면 사후관리 대상에서 제외

❷ 사전심사 이후 세무조사 등으로 인해 심사 결과와 다르게 과세 처분이 되더라도, 과소신고 가산세 면제

□ 또한, 전담팀이 심사과정에서 상세한 컨설팅으로 연구·인력개발비 세액공제 요건 구비를 도와드리고, 결과에 대한 설명과 함께 보완사항 등을 알려드리므로 향후 발생할 수 있는 세무상 위험을 줄일 수 있습니다.

□ (우선처리 확대*) 지난해 수출중소기업 등 미래성장 세정지원기업에게 제공하던 ‘사전심사 우선처리’ 서비스를 올해부터는 ‘혁신성장유형 벤처기업 확인 목적’ 및 ‘신성장·원천기술’ 관련 심사신청까지 확대 적용하였습니다.

* ‘사전심사 우선처리 확대’는 경제활력 제고와 공정세정 구현을 위한 ｢국세행정 역량강화 TF｣의 민생경제지원 분과 과제 중 하나로 선정되었습니다.

○ 우선처리 지원대상의 경우 1)조기처리 가능한 직원이 담당자로 지정되고 2)접수 이후 14일 경과 시 진행 상황을 전화로 안내해드리며, 3)심사결과 통지서를 우편발송 전 이메일 등으로 먼저 받아보실 수 있습니다.

□ (중간통지 의무화) 접수 이후 사전심사가 부득이 1개월 이상 소요될 경우, 처리 지연 사실 및 그 사유를 통지해 드립니다.

□ (온라인설명회 확대) 작년부터 기업의 실무자가 연구·인력개발비 세액공제 및 사전심사제도를 쉽게 이해하실 수 있도록, 전문심사관이 진행하는 온라인설명회를 실시*하고 있으며 올해는 이를 확대 시행할 예정입니다.

* (‘23년) 2회 실시 → (’24년) 2.23.(금)을 포함하여 3회 이상 실시 예정

□ 국세청은 사전심사 제도를 통해 기업이 세무상 불확실성을 해소하고 미래 성장동력을 확보할 수 있도록 연구개발활동에 대한 지원을 강화하겠습니다.

○ 더 많은 분들이 쉽게 사전심사 제도를 이해하실 수 있도록 ｢연구.인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인｣과 심사사례를 보완하여 국세청 누리집, 홈택스에 게시하는 등 도움자료를 개선하는 한편,

○ 중소벤처기업부 등 유관기관과의 협업, 납세자 대상 간담회 등 적극적인 소통을 통해 사전심사 제도를 더욱 발전시켜 나가겠습니다.

사례 ①	인정		신규성 및 체계성이 인정되는 연구개발 활동
□사실관계 ○A기업은 차별화된 유효성분을 함유한 기능성 제품을 연구개발하는 활동을 수행하고 지출한 인건비와 재료비 등 ○억원에 대해 사전심사 신청 → (쟁점) 기능성 제품을 개발하기 위해 기존 제품과 차별화된 원료를 사용하고 시험 등 평가를 진행한 경우 연구개발 활동에 해당하는지 여부 □심사결과 ○차별화된 원료를 사용하여 객관적인 시험분석 과정을 통해 특허를 등록한 내역 등 제품 개발과정의 체계성 및 재현 가능성이 확인되어, 세법상 연구개발 활동으로 적격 판정
사례 ②	인정	제조원가 절감을 위한 생산공정 개선 활동
□사실관계 ○B기업은 제조원가 절감을 위해 기존의 공정을 단축시키는 통합공정 과제를 수행하고 이에 대한 인건비와 재료비에 대해 사전심사 신청 → (쟁점) 기존 생산공정을 단축하기 위해 새로운 통합공정을 개발하는 활동이 연구개발 활동에 해당하는지 여부 □심사결과 ○기존의 생산공정을 통합공정으로 변경하고 신규 공정에 적합하도록 기존 제품의 설계 변경, 완성도를 검증하는 체계적인 활동은 세법상 연구개발 활동에 해당하여 적격 판정

사례 ③	불인정	일상적인 기술지원 활동
□사실관계 ○C기업은 제품을 수입하여 국내 회사에 판매하고 고객사에 대하여 자료 및 기술지원과 교육활동을 실시하고 있으며, 이러한 활동이 연구개발에 해당하는지 여부 사전심사 신청 → (쟁점) 제품을 판매하고 이를 구입한 기업을 대상으로 관련 자료를 보급하고 교육하는 활동이 연구개발 활동에 해당하는지 여부 □심사결과 ○고객사에게 제품에 대한 자료･기술을 지원하거나 교육하는 활동은 매출을 증가시키기 위한 일상적인 기술지원 활동으로 세법상 연구개발 활동에 해당하지 않아 부적격 판정
사례 ④	불인정	공개된 문헌을 단순 복제한 연구개발 활동
□사실관계 ○D기업은 자체 수행한 연구개발활동에 지출한 연구원의 인건비 ○억원에 대해 심사 신청하고 관련 증빙으로 연구보고서를 제출 → (쟁점) 공개된 문헌을 단순 인용 혹은 복제하여 수행한 자체 연구개발활동의 적정 여부 □심사결과 ○국세청 전담팀은D기업의 연구보고서가 온라인에 공개된 갑법인의 연구보고서, 특허명세서 등의 내용을 단순 복제*하여 작성한 것으로 확인, 신규성 및 독창성 부재의 이유로 부적격 판정 * 타인뿐만 아니라 자신의 과거 연구 결과를 단순 인용 혹은 복제하는 것도 부적격 대상임

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