「연구·인력개발비 세액공제 사전심사」 제도는 무엇인가?…A to Z

편집국 | news@joseplus.com | 입력 2020-01-13 12:00:10
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연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도는 무엇인가?

(연구·인력개발비 세액공제)과학적 진전, 새로운 서비스의 개발, 임직원의 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 타기관과 공동연구하면서 인건비, 재료비 등을 지출한 경우

당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제 대상 금액*을 차감하는 조세지원 제도이다.

*세액공제를 적용받는 비용(조특령 별표6)에 기업규모·업종·기술종류별로 세법에서 정한 일정 비율(조특법 §10)을 곱한 금액

   

연구·인력개발비 세액공제는 기업 입장에서 조세 절감 효과가 큰 반면, 세액공제 해당여부나 공제 가능 금액에 대해서는 과세관청과 납세자 간 이견이 많은 항목 중 하나다.

  

이로 인해 추후 세무조사 등으로 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면, 수년간 공제받은 금액에 가산세까지 포함하여 추징되는 사례가 발생하므로 납세자에게 큰 부담이 될 수도 있다.

< 연구·인력개발비 세액공제와 관련된 추징 사례 >

사례1

타 업무겸직하는 연구원의 인건비 공제

홍보, 영업, 고객대응 등의 업무겸직하는 연구원인건비공제하였으나,

-해당 업무는 연구직접적인 관련성이 없으므로 공제 불가능

사례2

일반적인 관리·지원 용역관련비용 공제

연구개발비 중 안전·보건관리 용역 비용세액공제하였으나,

-해당 비용은 연구개발활동이 아닌 일반적인 관리 및 지원활동과 관련된 비용이므로 세액공제 불가능

사례3

국고보조금을 재원으로 연구개발비지출하였으나 세액 공제

국고보조금을 재원으로 연구개발비지출하는 경우 ’10.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 세액공제배제하는 규정신설되어

-’10년에 지출한 연구개발비는 세액공제 불가능

자세한 내용은참고1연구·인력개발비 세액공제와 관련된 추징 사례 참조

이를 완화하기 위해 202011일부터 납세자가 신청하는 경우 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해주는 제도를 시행된다.

| 조세특례제한법 시행령 제9연구 및 인력개발비에 대한 세액공제|

법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 제10항에 따른 신고를 하기 전에 지출한 비용이 연구·인력개발비에 해당하는지 여부 등에 관해 국세청장에게 미리 심사하여 줄 것을 요청할 수 있다. 이 경우 심사 방법 및 요청 절차 등에 필요한 사항은 국세청장이 정한다. <신설 2019.2.12>

이 제도를 통해 연구·인력개발비 세액공제 가능 여부에 대한 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화하여,

신청한 기업들이 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 적극적으로 지원할 예정이다

 

[사전심사 신청은 어떻게 하나?']

(신청인)사전심사는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자가 신청할 수 있다.

*의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 종전과 같이 납세자의 판단에 의해 세액공제 대상으로 신고 가능

(심사대상)이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부 항목에 대한 신청도 가능하며, 금액제한은 없다.

*세액공제를 이미 신청한 사항, 보완요구에 대해 보완하지 아니한 사항, 정당한 사유 없이 답변·자료 제출을 거부하는 사항 등의 경우 심사 제외

(신청기한)법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 신청 가능하며,

법인세(소득세) 신고 시 연구·인력개발비 세액공제를 누락한 부분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한후신고 전까지 가능하다.

(신청방법)홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실·국세청 법인세과)를 통해 신청할 수 있다.

(제출서류)연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 기타 공제 대상임을 입증할 수 있는 서류를 제출해야 한다.

 

사전심사는 어떻게 진행되나?

국세청 법인세과 연구개발 세정지원TF팀에서 심사하며, 신청한 연구·인력개발비를 기술 및 비용 측면에서 검토한다.

 

| 연구·인력개발비 세액공제 사전심사검토 사항 |

(기술검토)신청인이 수행한 연구·인력개발 활동조세특례제한법2조 제1항 제11, 12호의 연구개발, 인력개발맞는지 여부

(비용검토)내국법인 및 거주자가 연구·인력개발지출한 금액 조세특례제한법10조에 의한 공제 대상 금액인지 여부

연구·인력개발비는 신성장동력·원천기술 연구개발비*’일반 연구·인력개발비로 구분되며,

*조세특례제한법 시행령별표7에 의한 신성장동력·원천기술 분야별 대상 기술에서 규정한 11개 분야 173개 기술

| 신성장동력·원천기술 연구개발비와 일반 연구·인력개발비 |

구 분

정 의

세정지원

검토 기관

비용

기술

신성장동력·

원천기술

연구개발비

11개 분야 173개 기술에 대한 연구개발비

·당기에 지출한 개발비의 최대 40% 세액공제

·당기에 지출한 시설투자 금액의 5% 세액공제

+세액공제

국세청

한국

산업기술

진흥원

일반

연구·인력

개발비

신성장동력·원천기술에 해당하지 않는 연구·인력개발비

·당기에 지출한 개발비의 최대 25%

·전년 대비 증가한 개발비의 최대 50%

, 선택하여 세액공제

국세청

국세청

일반 연구·인력개발비 보다 세제상 혜택이 큰 신성장동력·원천기술 연구개발비에 대한 기술검토*는 한국산업기술진흥원에서 별도로 심사한다.

*한국산업기술진흥원이 외부전문가를 활용해 심사 진행
(근거규정 : 조세특례제한법 시행령 제9조 제11)

신성장동력·원천기술 연구개발비에 대한 사전심사가 접수된 경우 한국산업기술진흥원에서 기술검토가 진행될 수 있도록 신청인의 동의 하에 제출서류 등을 이관하고, 국세청은 비용검토를 진행하게 된다.

 

심사는 신청인의 편의를 위해 서면심사로 진행한다.

*다만 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우 보완요구 또는 현장확인이 진행될 수 있다.

심사 담당자는 신청인에게 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구·인력개발비 세액공제에 대한 컨설팅을 제공할 예정이다.

심사결과에 이의가 있는 경우 재심사 청구가 가능하다.

 

 

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