[2025 세제개편안] 미래전략산업 지원 강화

편집국 | news@joseplus.com | 입력 2025-07-31 17:55:00
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(1) 국가전략기술 세부기술 및 사업화시설 신설
(조특령 별표72, 조특칙 별표62)

현 행

개 정 안

 

 

R&D비용 세액공제 대상
국가전략기술* 세부기술

 

* 일반 R&D 대비 높은 세액공제율(중소 40~50%, 중견·30~40%) 적용

 

세부기술 대상 확대

 

7개 분야* 71개 기술

 

* 반도체 23, 이차전지 10,
백신 7, 디스플레이 8,
수소 10, 미래형운송·이동수단 5,
바이오의약품 8

 

8개 분야* 78개 기술

 

* 인공지능 분야 추가

<추 가>

 

- 7개 신설, 2개 확대

 

(신설) 7

 

분야

세부기술

인공지능

(5)

생성형 인공지능

에이전트 인공지능

학습 및 추론 고도화

저전력·고효율 인공지능 컴퓨팅

인간 중심 인공지능

미래형

운송·이동

(2)

인공지능형 자율운항

탑승자 인지 및 인터페이스

 

 

(확대) 2

 

분야

세부기술

미래형

운송·이동

(2)

주행상황 인지 센서·소프트웨어
센서, 소프트웨어 단독도 적용

주행지능정보처리 통합시스템
핵심부품 인정을 위해 범위 확대

 

통합투자세액공제 대상
국가전략기술* 사업화시설

 

* 일반 시설투자 대비 높은 세액공제율(중소 25%, 중견·15%) 적용

 

사업화시설 대상 확대

 

7개 분야 58개 시설

 

8개 분야* 61개 시설

 

* 인공지능 분야 추가

 

<추 가>

- 3개 신설

 

분야

사업화시설

인공지능

(1)

국가전략기술급 인공지능의
서비스를 위한 데이터센터

미래형

운송·이동

(2)

인공지능형 자율운항 기술 관련
설비 제작·실증 시설

주행지능정보처리 통합시스템
기술 관련 사업화시설

 

 

 

<개정이유> 첨단 전략산업 R&Dㆍ시설투자 활성화

<적용시기> ’25.7.1. 이후 발생하는 비용 또는 투자 분부터 적용

다만, 인공지능 분야와 미래형 운송ㆍ이동수단 분야 중 인공지능형 자율운항과 관련된 세부기술ㆍ사업화시설의 경우에는 ’25.1.1. 이후 발생하는 비용 또는 투자 분부터 적용

 

(2) AI 우수인력 등 국내 복귀 소득세 감면 적용기한 연장(조특법 §183)

현 행

개 정 안

 

 

내국인 우수 인력 국내복귀시 소득세 감면

 

(대상) 자연·이공·의학계 박사 학위 소지 내국인으로서 관련 외국대학·연구기관 등에서 5년 이상 근무한 자

 

(취업기관) 연구기관 등*

 

* 기업부설 연구소, 정부출연연구기관, 대학 등

 

(감면율) 10년간 50%

 

(적용기한) ’25.12.31.

적용기한 연장

 

 

 

 

 

(좌 동)

 

 

 

 

‘28.12.31.

 

 

<개정이유> 해외 우수인재의 국내 복귀 지원

 

(3) 반도체 제조장비 부품 등 관세 감면 대상 공장 지정기간 연장
(관세법 §89, 관세령 §113)

현 행

개 정 안

 

 

세율불균형 물품* 제조·수리
공장 지정기간

 

* 완제품보다 부분품 및 원재료의 관세율이 높은 물품(반도체 제조장비, 항공기)으로, 지정공장에서 사용하는 부분품 및 원재료에 대해 관세 감면(20~100%)

 

지정기간 연장

3년 이내

310

 

 

<개정이유> 관세 감면 적용 간소화

<적용시기> ’26.1.1. 이후 지정하는 분부터 적용

 

(4) 웹툰콘텐츠 제작비용 세액공제 신설
(조특법 §258, 조특령 §2212, 조특칙 §1311 신설) 

현 행

개 정 안

 

 

<신 설>

 

웹툰콘텐츠 제작비용에 대해 소득세법인세 세액공제

 

(대상콘텐츠) 만화진흥법웹툰* 디지털만화**

 

* 정보통신망에 유통하기 위하여 정보통신망에서 제작된 만화

** 종이 등 유형물에 그려진 만화를 디지털파일 형태로 가공·처리하고 디스크 등의 디지털매체나 정보통신망을 통하여 이용자에게 제공하는 만화

 

 

(대상자) 만화진흥법만화사업자*웹툰
디지털만화 실질적인 제작을 담당하는 자

 

* 만화를 기획·개발·제작·생산 또는 유통하거나 그와 관련된 서비스제공자

 

 

(공제비용) 기획·제작 인건비, 원작소설 저작권
사용료, 웹툰 제작 프로그램 사용비 등 웹툰
디지털만화 제작소요되는 비용

 

 

- (제외비용) 정부 지원액, 홍보비 등 간접비용 등

 

(공제시기) 정보통신망에 공개된 날이 속하는 과세연도

 

(공제율) 10%(중소: 15%)

 

(적용기한) ‘28.12.31.

 

 

<개정이유> 웹툰콘텐츠산업의 글로벌 경쟁력 지원

<적용시기> ‘26.1.1. 이후 발생하는 비용 분부터 적용

 

(5) 영상콘텐츠 세제지원 확대 및 적용기한 연장(조특법 §256) 

현 행

개 정 안

 

 

영상콘텐츠* 제작비용 세액공제

 

* 드라마·애니메이션·다큐멘터리 등
TV프로그램, 영화, OTT콘텐츠

 

세액공제 확대 적용기한 연장

공제율

 

공제율 조정

-(기본공제율) 10%
(중소: 15%, : 5%)

 

-(기본공제율)10%(중소: 15%)

 

-(추가공제율*)10%(중소: 15%)

 

* 국내 제작비 비중이 일정 비율
이상인 콘텐츠 등에 적용

 

-(좌 동)

(적용기한) ’25.12.31.

‘28.12.31.

 

 

<개정이유> 영상콘텐츠산업의 글로벌 경쟁력 지원

<적용시기> ‘26.1.1. 이후 발생하는 비용 분부터 적용

 

(6) 문화산업전문회사 출자에 대한 세액공제 확대 및 적용기한 연장(조특법 §257) 

현 행

개 정 안

 

 

문화산업전문회사 출자 세액공제

 

적용대상 확대
적용기한 연장

(적용대상) 중소중견기업

 

대기업 포함

(공제대상) 문화산업전문회사 출자액 중
영상콘텐츠 제작에 사용된 비용

 

 

 

 

 

(좌 동)

 

 

 

- (영상콘텐츠) 영화, TV프로그램, OTT콘텐츠

 

- (제외비용) 기업업무추진비, 광고홍보비 등

 

(공제율) 3%

 

(적용기한) ‘25.12.31.

’28.12.31.

 

 

<개정이유> 영상콘텐츠 제작 지원

<적용시기> ’26.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 출자하는 분부터 적용

 

(7) 우수 선·화주기업에 대한 세액공제 개편(조특법 §10430, 조특령 §10427)

 

 

현 행

개 정 안

 

 

우수 선·화주기업* 인증을 받은 화주기업에 대한 세액공제

 

* 국적선사 장기운송계약을 체결하는 등 선주-화주 간 상생협력 노력이 우수하다고 해수부장관이 인증한 기업

 

세액공제 합리화
적용기한 연장

(대상) 국제물류주선업자*

 

* 수출입화물의 물류를 주선하는 사업자

 

(좌 동)

(요건)

 

(기본공제)

전체 해상운송비용 외항정기화물운송사업자에게 지출한 운송비용40% 이상

 

- (요건) 운송비용물동량

해당 비율이 전년대비 증가

 

<삭 제>

(공제율) 외항정기화물운송사업자에게 지출한 운송비용 1%
+ 전년대비 증가액 3%

 

- (공제율) 외항정기화물운송사업자에게 지출한 운송비용 0.5%

 

<신 설>

(추가공제)

 

 

- (요건) 전체 원양 해상물동량 중 외항정기화물운송사업자에 대한
물동량이 25% 이상

 

 

- (공제율) 원양 외항정기화물운송사업자에게 지출한
원양 운송비용1%

 

(적용기한) ’25.12.31.

’28.12.31.

 

 

<개정이유> 선주·화주 간 상생협력 지원 및 원양해운 경쟁력 제고

<적용시기> ’26.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용

 

(8) 방위산업에 대한 신성장·원천기술 세부기술 및 사업화시설 신설
(조특령 별표7, 조특칙 별표6)

현 행

개 정 안

 

 

R&D비용 세액공제 대상
신성장·원천기술* 세부기술

 

* 일반 R&D 대비 높은 세액공제율(중소 30~40%, 중견·20~30%) 적용

 

세부기술 대상 확대

 

14개 분야* 273개 기술

 

* 미래차, 지능정보, 차세대S/W
콘텐츠, 전자정보 디바이스,
차세대 방송통신, 바이오·헬스,
에너지환경, 융복합소재, 로봇,
항공우주, 첨단 소재부품장비, 탄소중립, 방위산업

 

14개 분야 274개 기술

 

<추 가>

 

- 1개 신설

 

분야

세부기술

방위

산업

글로벌 공급망 진입·안정화 기술

 

 

통합투자세액공제 대상
신성장사업화시설*

 

* 일반 시설투자 대비 높은 세액공제율(중소 12%, 중견 6%, 3%) 적용

 

사업화시설 대상 확대

 

14개 분야 186개 시설

 

14개 분야 187개 시설

 

<추 가>

 

- 1개 신설

 

분야

사업화시설

방위

산업

글로벌 공급망 진입·안정화 기술

관련 설계·인증·평가 등 시설

 

 

 

<개정이유> 방위산업의 R&Dㆍ시설투자 활성화

<적용시기> ‘25.7.1. 이후 발생하는 비용 또는 투자 분부터 적용

 

(9) 통합고용세액공제 개편

공제액 구조 개편 및 사후관리 합리화(조특법 §298, 조특령 §268)

현 행

개 정 안

 

 

통합고용세액공제

 

공제액 개편, 사후관리 합리화 적용기한 연장

 

(공제대상) 상시근로자* 증가분

 

* 근로계약기간 1년 이상

 

ㅇ 상시근로자* 증가분

 

* 실제 근로기간 1년 이상

 

(공제액) 상시근로자 증가인원* × 1인당 세액공제액

 

* 전체 고용 증가분에 대해 공제 적용

 

 

 

구분

1인당 공제액 (단위:만원)

중소(3)

중견

(3)

(2)

수도권

지방

우대*

1,450

1,550

800

400

기본

850

950

450

-

 

* 청년(15~34), 장애인, 60세 이상, 경력단절 근로자 등

 

상시근로자 증가인원* × 1인당 세액공제액

 

* 최소고용증가인원수 초과분에
대해서만 공제 적용

 

 

구분

1인당 공제액 (단위:만원)

중소(3)

중견

(3)

(2)

수도권

지방

우대*

1년차

700

1,000

500

300

2년차

1,600

1,900

900

500

3년차

1,700

2,000

900

-

기본

1년차

400

700

300

-

2년차

900

1,200

500

3년차

1,000

1,300

500

 

* 청년(15~34), 장애인, 60세 이상, 경력단절 근로자 등

 

(사후관리) 공제 후 2~3년간 고용유지 의무

 

 

고용 유지시 더 높은 공제 혜택을 부여하는 방식으로 사후관리 전환

 

- 감소시 공제액 상당분 추징

 

- 감소한 과세연도부터 전액 공제 배제

 

- (삭 제)

 

- 고용 증가분 감소분한정하여 공제 배제

 

(적용기한) ’25.12.31.

 

’28.12.31.

 

 

<개정이유> 장기고용 유인 강화 및 납세 협력 비용 경감

<적용시기> ’26.1.1. 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 분부터 적용

 

중견·대기업 최소 고용 증가 인원수 신설(조특법 §298, 조특령 §268)

현 행

개 정 안

 

 

<신 설>

중견·대기업 최소 증가 인원수 설정

 

(중견) 5, (대기업) 10

 

 

최소 증가 인원수 초과분에 대해서만 공제 적용

 

 

<개정이유> 중견·대기업의 고용 증대 유인 강화

<적용시기> ’26.1.1. 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 분부터 적용

 

단시간 근로자 정의 및 상시근로자 수 계산 간소화(조특령 §268)

현 행

개 정 안

 

 

상시근로자에 포함되는
단시간 근로자 범위

단시간 근로자의 상시근로자 판단 기준 간소화

 

월별 근로시간 60시간 이상 근로자

 

연간 월평균 근로시간*60시간 이상 근로자

*

연간 총 근로시간

 

해당 과세연도 근무 개월수

 

 

상시근로자 수 계산식

 

계산방식 간소화

 

ㅇ 해당 과세연도 매월 말 상시근로자 수의 평균*

 

*

매월 말 상시근로자 수의 합

 

해당 과세연도의 개월 수

 

 

 

(정규직 근로자는 1,
단시간 상시근로자는 0.5,
상용형 시간제는 0.75)

 

 

인별 연간 근로기간을 감안한 상시근로자 수 합계* 방식으로 변경

*

 

1

 

 

해당 과세연도의 근로 기간

 

 

 

0.5

 

×

 

해당 과세연도의 개월 수

 

0.75

 

 

 

 

 

 

 

(정규직 근로자는 1,
단시간 상시근로자는 0.5,
상용형 시간제는 0.75)

 

 

 

<개정이유> 기업의 납세협력비용 경감

<적용시기> 영 시행일 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용

 

우대공제 적용 시 청년 판단 기준 합리화(조특령 §268)

현 행

개 정 안

 

 

청년 여부 판단 기준

청년 여부 판단 시점 변경

 

ㅇ 해당 과세연도에 19~34

 

근로계약 체결 당시 19~34

 

 

<개정이유> 조세 제도 합리화

<적용시기> ’25.12.31.이 속하는 과세연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 분부터 적용

 

육아휴직 복귀자 추가공제 적용기한 연장(조특법 §298)

현 행

개 정 안

 

 

육아휴직 복귀자 추가공제

 

(대상) 중소·중견기업

 

(요건) &

 

육아휴직자 복직

 

전년대비 상시근로자 수 유지

 

(공제금액) 육아휴직 복귀자 1인당
중소기업 1,300만원, 중견기업 900만원

 

(적용횟수) 자녀 1인당 1

 

(사후관리) 육아휴직 복직 후 2년 내 근로관계 종료 시 공제세액 추징

적용기한 연장

 

 

 

 

(좌 동)

 

 

 

 

(적용기한) ’25.12.31.

 

’26.12.31.

 

 

<개정이유> 육아휴직 복귀 지원

 

(10) 해외진출기업의 국내 복귀 세제지원 강화

 

부분복귀하는 해외진출기업에 대한 소득세·법인세·관세 감면 확대(조특령 §10421)

현 행

개 정 안

 

 

유턴기업에 대한 소득·법인세·관세 감면* 대상

 

* (소득·법인세) 7100%+350%
(관세) 유턴기업 선정일로부터 5년간 100%(완전복귀), 50%(부분복귀)

 

복귀 후 축소완료 기업*
감면대상에 포함

 

* 국외사업장 축소 완료 이전에 국내사업장 신·증설하는 경우

 

완전복귀(국외사업장 양도·폐쇄)

 

 

 

 

 

(좌 동)

 

 

 

- 국외사업장 양도폐쇄 후
3년 이내 국내사업장 신증설

 

- 국내사업장 신·증설 후 4년 이내 국외사업장 양도·폐쇄

 

부분복귀(국외사업장 축소·유지)

부분복귀 감면대상 확대

 

- 국내사업장이 없는 내국인이 신규 창업

 

 

 

 

 

- (좌 동)

 

 

 

- 국외사업장 축소 완료* 3 이내 국내사업장 신·증설

 

* 국외사업장 매출액 25% 이상 감축 등

 

<추 가>

- 내사업장 신·증설 4 이내국외사업장 축소 완료

 

 

<개정이유> 유턴기업 지원 확대

 

<적용시기> (소득·법인세) 영 시행일 이후 국내사업장을 신·증설하는 분부터 적용

(관세) 영 시행일 이후 국내사업장을 신·증설하기 위해 수입신고하는 분부터 적용

 

부분복귀하는 해외진출기업에 대한 감면대상소득 산식 추가
(조특령 §10421)

현 행

개 정 안

 

 

감면대상 소득

복귀 후 축소완료 기업에 대한 감면대상소득 산식 추가

 

완전복귀

 

 

 

 

(좌 동)

 

 

 

 

복귀 후 소득 ×

국외사업장 매출액

국내매출액

 

 

부분복귀

 

축소완료 이전에는 실제 축소량에 비례감면대상 소득 산출

 

- 창업(국내사업장 없는 내국인)

 

 

 

 

- (좌 동)

 

 

 

 

 

복귀 후

소득

×

국외사업장 매출액

국내매출액

 

 

- 국외사업장 축소완료 후 3이내에 국내사업장 신·증설

 

복귀 후

소득

×

국외사업장 축소 생산량

으로서 산업부장관이

확인한 생산량

국내매출액

 

 

<신 설>

- 국내사업장 신·증설 후 4 이내에 국외사업장 축소완료

 

 

국외사업장 축소가 진행 중인 경우

 

 

복귀 후

소득

×

국외사업장에서 축소한 생산량으로서

산업부장관이 인정한 생산량

국내매출액

 

 

 

국외사업장 축소가 완료된 경우

 

 

복귀 후

소득

×

국외사업장에서 축소한 생산량으로서

산업부장관이 확인한 생산량

국내매출액

 

 

 

<개정이유> 유턴기업 지원 확대

<적용시기> 영 시행일 이후 국내사업장을 신·증설하는 분부터 적용

 

부분복귀 후 축소완료하지 않은 경우 추징규정 신설
(조특법 §10424, 조특령 §10421)

현 행

개 정 안

 

 

감면받은 소득·법인세
추징사유 및 추징금액

 

추징사유 국외사업장을 축소완료하지 않은 경우 추가

 

복귀일로부터 3년 내
폐업·해산한 경우:
폐업·해산일로부터 소급해
3년 이내에 감면된 세액

 

(좌 동)

국외사업장양도·폐쇄
하지 않은 경우:
감면세액 전액

 

국외사업장을 양도·폐쇄 또는 축소완료하지 않은 경우: 감면세액 전액

국외사업장을 축소해 감면받은 후 다시 확대하는 경우:
국외사업장 신·증설일로부터 소급해 3년 이내에 감면된 세액

 

(좌 동)

 

 

<개정이유> 조세회피 방지

<적용시기> ’26.1.1. 이후 국내사업장을 신·증설하는 분부터 적용

 

(11) 내국법인이 외국자회사 주식을 외국법인에 현물출자 시 과세특례 신설(조특법 §383, 조특령 §355)

현 행

개 정 안

 

 

<신 설>

내국법인외국자회사 주식등 현물출자에 대한 과세특례

 

 

(내용) 내국법인외국자회사 주식등
외국법인에 현물출자함으로써 발생한 양도차익을
4년 거치 3년 분할 익금산입

 

 

(출자법인) 5년 이상 계속 사업을 한 내국법인

 

 

(출자자산) 출자법인이 20% 이상 지분 보유하고 있는 외국자회사주식 또는 출자지분

 

 

(피출자 외국법인) 출자법인이 80% 이상 지분 보유

 

피출자 외국법인은 외국자회사가 영위하던 사업해당 사업연도 말까지 계속 필요

 

 

(사후관리) 다음 사유 발생시 익금에 산입하지 않았던 양도차익을 해당 사유가 발생한 사업연도에 익금산입

 

 

() 출자법인이 현물출자로 취득한 주식등을 처분*

 

* (예외) 출자법인의 합병으로 합병법인이 주식등을 승계하는 경우 등

 

 

() 피출자 외국법인현물출자받은 주식등 처분

 

 

() 내국법인, 피출자 외국법인 또는 외국자회사가 사업을 폐업하거나 해산

 

 

(적용기한) ’28.12.31.

 

 

<개정이유> 해외사업 구조조정 지원

<적용시기> ’26.1.1. 이후 현물출자하는 분부터 적용

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