□(도입 취지) 기업의 연구개발 활동은 일반적으로 대량의 자금 투입과 오랜 기간이 소요되는 경우가 많은데 비해 연구성패의 불확실성이 높아 연구개발 투자활성화를 위해

○내국법인과 거주자가 연구·인력개발에 투자하는 비용의 일정액을 법인세(소득세)에서 공제함으로써,

○기업의 연구 및 인력개발을 촉진하여 기술을 축적하고 우수한 인력 확보를 도움으로써 기업의 대외경쟁력 향상 및 성장잠재력 확충을 위해 도입된 조세지원 제도이다.

□(세액공제액의 계산)과학적 또는 기술적 진전, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발, 임원 또는 사용인의 교육·훈련을 위해

○연구소 및 전담부서를 운영하거나 타기관과 공동연구하면서 인건비, 재료비 등을 지출한 경우에

○당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 세액공제액*을 차감하게 되므로, 조세절감 효과가 큰 제도이다.

□(제도 도입) 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자의 신청에 따라

-연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해 주는 제도로서 지난해 도입하여 시행하고 있다.

○신청 사업자의 연구·인력개발비 세액공제 가능 여부에 대한 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화하여, 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 도입된 조세지원 제도이다.

□(지방청 전담팀 신설) 연구·인력개발비 세액공제 신청에 어려움을 겪는 중소기업(개인사업자 포함)에게 신속·정확한 사전심사로 성실신고를 지원하고,

○연구·인력개발비 세액공제에 대한 세무상담 등 자문서비스를 제공하여, 사전심사 신청 기업이 연구개발 투자와 인적자원 투자에 주력할 수 있도록 사전심사 전담팀을 신설했다.

* (본 청) 일반기업·중견기업 사전심사, 지방청 기술심사 지원

* (지방청) 중소기업･개인사업자 사전심사, 중소기업 세무상담

□(사전심사 필요성) 다른 세액공제·감면제도가 대부분 기업 규모, 업종, 수입금액 등 형식적 요건만 규정하는 것과 달리 연구·인력개발비 세액공제는 실질적 요건까지 부합해야 한다.

○연구·인력개발비 세액공제는 조세절감 효과가 탁월한 반면, 공제대상 비용 범위, 연구·인력개발 활동 여부 등에 대해 사업자와 과세관청 간 견해 차이가 상당히 큰 규정으로,

○추후 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되는 경우, 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징되어 사업자에게 법인세(소득세) 부담이 가중되므로

-｢연구인력개발비 세액공제 사전심사｣ 제도를 이용하여 사전에 세액공제 적정 여부를 확인받아 해소할 수 있다.

* 2020.12.29. 세법개정 반영

□(세액공제 불인정 사례)지난해 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 결과, 주요 불인정 사례[참고2]는 다음과 같다.

□(혁신성장기업 등 중소기업 지원) 국세청은 신설된 전담팀을 통해 보다 많은 중소기업(개인사업자 포함)이 사전심사를 신청하여 사전심사에 대한 혜택을 받도록 지원한다.

○기업이 연구·인력개발비 세액공제에 대한 불확실성을 해소하여 법정 요건에 맞는 세액공제를 신청할 수 있도록 도와줌으로써 성실납세 문화가 확산되도록 뒷받침한다.

○또한, 사전심사 제도를 내실 있게 운영하여 사업자에게 친화적인 행정을 적극 구현해 나갈 계획이다.

○(신청인) 사전심사는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자가 신청할 수 있다.

*의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 사업자의 판단에 의해 세액공제 대상으로 신고 가능

○(신청기한)법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 사전심사를 신청할 수 있다.

-다만, 연구·인력개발비 세액공제 신청 누락분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 가능하다.

*연구·인력개발비 세액공제를 법인세(소득세) 과세표준 신고 시 신청하지 아니한 부분에 대하여는 심사 신청 가능

○(신청방법) 홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 본·지방청 법인세과)를 통해 신청할 수 있다.

*[참고4]홈택스 신청/제출 > 일반세무서류 신청 > 민원명 찾기 “연구” > 조회하기 > 연구·인력개발비 사전심사 신청

○(신청비용)연구·인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부 항목에 대한 신청도 가능하며, 금액제한은 없다.

○(신청서류)｢연구·인력개발비 세액공제 사전심사 신청서｣, ｢연구개발비 명세서｣, ｢연구개발 보고서｣, 기타 세액공제 대상임을 증명할 수 있는 서류*를 제출하여야 한다.

*[참고5]신청 서류: 연구개발 활동 관련자료(작성자와 작성일이 기입된 연구노트 및 단계별 연구보고서, 특허, 논문, 시제품 전시 자료 등)

○보다 자세한 내용은 국세청 누리집(www.nts.go.kr)의 공지사항을 참고하기 바람.

□(심사 관할)중소기업, 개인사업자의 사전심사에 대해서는 각 지방청 법인세과 사전심사 전담팀에서 심사하고,

○일반기업, 중견기업에 대해서는 국세청 법인세과 공익중소법인지원 4팀에서 심사한다.

□(구분 심사)사전심사를 신청한 ‘연구·인력개발비’에 대해 기술검토 및 비용검토로 구분하여 심사한다.

○(기술 검토)신청인의 연구·인력개발 활동이 ｢조특법｣의 ‘연구개발’, ‘인력개발’ 정의[참고1]에 맞는지를 기술 검토하고,

○(비용 검토)신청인이 연구·인력개발에 지출한 금액이 ｢조특법｣에 해당하는 공제 대상 금액인지를 검토하게 된다.

□(연구·인력개발비의 구분)연구·인력개발비는 ‘신성장·원천기술 연구개발비*’와 ‘일반 연구·인력개발비’로 구분되며,

*｢조특법 시행령｣ [별표 7]에 의한 ‘신성장·원천기술 분야별 대상 기술’에서 규정한 12개 분야 223개 기술

○일반 연구·인력개발비보다 세제상 혜택이 큰 ‘신성장·원천기술 연구개발비’에 대한 기술검토*는 한국산업기술진흥원에서 별도*로 심사한다.

*한국산업기술진흥원이 외부전문가를 활용해 심사 진행
(근거규정: ｢조특법 시행령｣ 제9조 제12항)

□사전심사는 신청인의 편의를 위해 비대면 방식으로 하는 서면심사*를 원칙으로 진행합니다.

*다만, 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우 보완요구하거나 현장확인이 진행될 수 있다.

○심사 담당자는 신청인에게 사전심사의 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구·인력개발비 세액공제에 대한 세무상담 등 자문서비스를 제공한다.

○심사결과에 이의가 있는 경우 재심사 청구가 가능하다.

□신청인이 사전심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영하여 법인세(소득세)를 신고한 경우 아래와 같은 효력이 부여된다.

*다만, 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 제외

1.법인세(소득세) 신고 전 사전심사를 통해 세무상 불확실성을 해소함으로써 조세절감 효과 등을 느끼실 수 있다.

2.심사 결과에 대해 충분한 설명과 함께 연구·인력개발비 세액공제에 대한 세무상담 등 자문서비스를 제공한다.

3.사전심사 신청 내용에 대해서는 신고내용 확인* 및 감면사후관리** 대상에서 제외된다.