국세청은 20일, 타인 논문을 도용 제출하는가 하면 연구원 허위등록을 통해 부당공제를 받은 864개 기업에 대해 270억 원을 추징조치 했다고 밝혔다. 

그동안 국세청은 연구·인력개발비 세액공제에 대한 부당공제를 방지하기 위해 매년 사후관리를 실시하여 엄격하게 관리하고 있다.

그럼에도 연구개발 활동은 하지 않고 허위 연구소를 설립하여 부당하게 세액공제 받는 등 제도를 악용한 조세회피 행위가 근절되지 않고 있다.

이에, 국세청은 보유하고 있는 연구개발 관련 각종 신고자료와 인터넷 등을 통해 수집한 현장정보를 종합하여 부당공제 혐의를 정밀 분석·검증을 단행한 결과, ’24년 864개 기업을 적발하고 270억 원을 추징하여 추징실적이 ’21년의 27억 원 대비 약 10배 증가했다고 밝혔다.

이처럼 연구·인력개발비 세액공제에 대한 부당공제를 방지하기 위해 국세청은 앞으로도 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 통해 기업의 성실신고를 지원하고, 연구·인력개발 투자를 촉진해 기업의 대외경쟁력 강화와 성장잠재력 확충에 도움이 되도록 지속적으로 노력해 나갈 방침이다.

또한, 기업 스스로 세액공제 적정 여부를 판단하는 데 도움이 되도록 전문심사관이 진행하는 온라인설명회 및 한국산업기술진흥협회와의 공동 설명회 등 교육을 지속 확대하고 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인 책자를 제작·배포할 예정이다.

이외에도 과기부, 한국산업기술진흥협회와 협업하여 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 설립 단계부터 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 안내하는 등 적극적으로 홍보할 계획이다.

국세청은 동시에 연구·인력개발비 세액공제 제도를 불법적으로 악용해 국가재정의 건전성을 저해하고, 공정과세 실현을 방해하는 부당한 세액공제에 대해서는 강력하게 대처해 나갈 방침이다.

특히 허위 연구소 설립, 타인 논문 복제 등 지능적 탈세행위에 대한 정보수집 및 모니터링을 강화하고 연구개발 활동 불분명 기업에 대한 검증을 지속적으로 확대해 과세 사각지대를 축소해 나갈 것이라고 강조했다.

또한 과기부 등 관계부처와 협력해 연구·인력개발비 세액공제 요건 관련 정보수집을 강화하고, 연구·인력개발비 세액공제 전담인력이 정밀 분석·검증해 부당공제를 근절하는데에도 지속적인 노력을 기울일 것이라고 덧붙였다.

다음은 국세청이 밝힌 연구·인력개발비 세액공제의 추징 사례 등을 요약 정리한 것이다.

ΙR&D 세액공제 사후관리 추징 현황Ι

특히 ’23년부터는 연구·인력개발비 세액공제 업무를 전담하는 본청의 전문심사관과 지방청 전담팀이 그동안 과세 사각지대에 있던 연구개발 활동을 집중검증하여 지난해 364개 기업에 대해 116억 원을 추징했다.

※위 사례 외에도 타인 논문 등을 단순인용한 사례 다수 발견

Ι타인 논문 단순인용 사례Ι

<공개된 학술 논문>	<기업이 제출한 연구 증거서류>

□ 아울러, 고율의 공제가 적용되는 신성장·원천기술 및 국가전략기술 세액공제 법인을 전수 분석하고 면밀히 검증한 결과, 일반 연구개발 공제율 대신 높은 공제율을 적용한 69개 기업의 과다공제세액 62억 원을 추징했다.

※중소기업 세액공제율 : (일반) 25%, (신성장･원천기술) 30%~40%, (국가전략) 40%~50%

□연구개발 활동에 대한 검증 외에도 과기부 등 관계부처로부터 연구소를 인정받지 않았거나, 연구소 인정 취소된 기업 등에 대한 자료를 수집·분석한 후 검증하여 178개 기업에 대해 30억 원을 추징했다.

□이 외에도 연구개발 등을 목적으로 국가, 지방자치단체 등으로부터 지급받아 지출한 연구개발출연금을 세액공제 신청 시 제외하지 않고 과다공제 받은 48개 기업에 대해 15억 원을 추징했다.

□국세청은 악의적인 부당공제에는 엄정히 대응하는 한편, 선의의 납세자가 불필요한 세금 부담 없이 안심하고 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 통해 지원하고 있다.

-연구·인력개발비 세액공제의 경우, 세법상 연구개발 활동, 공제 대상 비용 등에 해당하는지 납세자가 쉽게 판단하기 어렵고, 납세자와 과세관청 간 이견이 존재하는 경우가 다수 있다. 

- 선의의 납세자가 세액공제 대상에 해당한다고 생각하여 세액공제를 신청하였지만, 추후 세무조사나 사후관리를 통해 세액공제 대상이 아닌 것으로 확인되어 공제세액과 함께 가산세까지 추징되는 사례도 있다.

- 이에 국세청은 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 통해 적정 여부를 사전에 확인해주고 있다면서, 법인세 신고(3월 말), 소득세 신고(5월 말) 전에 가급적 빨리 사전심사를 신청해 도움을 받기를 당부했다.

□사전심사를 받고자 하는 기업은 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 연중 언제든지 신청할 수 있고, 법인세(소득세) 신고기한 전까지 통지받은 심사 결과는 신고에 즉시 반영할 수 있으며,

- 기업이 사전심사 결과에 따라 신고하면 ❶신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되고, ❷추후 심사 결과와 다르게 과세처분 되더라도 가산세가 면제되는 혜택*을 받을 수 있다.

* 다만, 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루 혐의가 있는 경우 제외

□국세청은 지난해 사전심사 결과를 법인세(소득세) 신고 등에 적시 활용할 수 있게 우선처리 대상을 확대하였고, 심사 결과를 기업이 지정한 세무대리인에게도 통지하도록 개선하여 납세 편의를 강화했다.

그 결과, 지난해 사전심사 신청건수*는 총 2,504건으로 제도 시행 이후 꾸준히 증가하고 있다.

*(’20년) 1,547건 → (’21년) 2,332건 → (’22년) 2,439건 → (’23년) 2,440건 → (’24년) 2,504건

□올해는 사전심사 우선처리 대상에 ‘밸류업 표창 중소기업’, ‘국가전략기술’ 심사 신청기업을 추가하여 연구개발 기업의 경쟁력 강화를 지원할 예정이며, 연구개발과 사전심사 제도에 대한 이해를 돕기 위해 연구개발 수행기업을 대상으로 온라인설명회, 납세자 세법교실 등 교육*을 확대할 계획이다.

*법인세(소득세) 신고 전 사전심사 제도 소개, 인정·불인정 사례 등 교육 실시

Ι 우선처리 대상 확대 Ι

□국세청은 이처럼 사전심사 제도를 통해 기업의 판단을 돕고 가산세 부담을 완화하여 기업의 연구·인력개발 활동을 지원하고 있으니, 법인세(소득세) 신고 전에 사전심사를 신청해 미리 확인하기를 바라고 있다.

□국세청은 앞으로도 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 통해 기업의 성실신고를 지원하고, 연구·인력개발 투자를 촉진하여 기업의 대외경쟁력 강화와 성장잠재력 확충에 도움이 되도록 지속적으로 노력해 나갈 계획이다.

- 기업이 스스로 세액공제 적정 여부를 판단하는 데 도움이 되도록 전문심사관이 진행하는 온라인설명회 및 한국산업기술진흥협회와의 공동 설명회 등 교육을 지속 확대하고, 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인 책자를 제작·배포할 예정이다.

- 또한, 과기부, 한국산업기술진흥협회와 협업하여 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 설립 단계부터 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 안내하는 등 적극적으로 홍보할 계획이다.

□그러나 연구·인력개발비 세액공제 제도를 불법적으로 악용하여 국가재정의 건전성을 저해하고, 공정과세 실현을 방해하는 부당한 세액공제에 대해서는 강력하게 대처해 나갈 방침이다.

- 허위 연구소 설립, 타인 논문 복제 등 지능적 탈세행위에 대한 정보수집 및 모니터링을 강화하고 연구개발 활동 불분명 기업에 대한 검증을 지속적으로 확대하여 과세 사각지대를 축소해 나갈 계획이다.

- 아울러, 과기부 등 관계부처와 협력하여 연구·인력개발비 세액공제 요건 관련 정보수집을 강화하고, 연구·인력개발비 세액공제 전담인력이 정밀 분석·검증하여 부당공제 근절을 위해 노력해 나갈 계획이다.

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