[세법시행령 개정안] 미래전략산업 지원 강화 및 기업경쟁력 제고
- 편집국 | news@joseplus.com | 입력 2026-01-16 22:50:31
【 미래첨단산업 지원 】
□ R&D 세액공제 국가전략기술 및 신성장ㆍ원천기술* 범위 확대 (조특령)
* 연구개발공제율(%) : (일반) 2~25 (신성장원천기술) 20~40 (국가전략기술) 30~50
※ 「2026년 경제성장전략」(‘26.1.9.)에서 발표
➊ (국가전략기술) 초혁신경제 선도프로젝트 등 미래 첨단산업을 지원하기 위해 반도체 분야 등 세부기술 신설ㆍ확대*
* (현행) 8개 분야 78개 기술 → (개정안) 8개 분야 81개 기술
분야 | 세부기술 |
반도체 | (신설)차세대 MCM(Multi-Chip Module) 관련 신소재·부품 개발 기술 |
(확대)에너지효율향상 반도체 설계·제조 → 패키징 기술까지 확대 | |
미래형 운송·이동 | (신설)환경친화적 첨단 선박의 운송·추진 기술 |
(신설)환경친화적 첨단 선박의 디지털 설계·생산운영 기술 | |
수소 | (확대)탄소포집 청정수소 생산 → 청록수소 기술 포함 |
➋ (신성장ㆍ원천기술) 철강ㆍ석유화학 등 주력산업을 지원하기 위해 탄소중립 분야 등 세부기술 신설ㆍ확대*
* (현행) 14개 분야 273개 기술 → (개정안) 14개 분야 284개 기술
분야 | 주요 세부기술 |
탄소중립(4개) | 고로 용선 및 전기로 용강 합탕기술, 친환경 냉매 개발 기술 등 |
첨단소부장(4개) | 고규소 함량 저철손 전기강판 제조기술(※ 초혁신경제 선도프로젝트, 특수탄소강), |
바이오·헬스(1개) | 동물용의약품 후보물질 생산기술 |
에너지·환경(1개) | 이차전지 제조 공정 염폐수 재활용 기술 |
융복합 소재(1개) | 고융점 금속 기반 4N급 염화물 또는 불화물 전환 기술 |
□ R&D비용 세액공제가 적용되는 비용의 범위 확대 (조특령)
※ 「2026년 경제성장전략」(‘26.1.9.)에서 발표
ㅇ 인공지능 분야 연구개발 지원을 위해 ’인공지능 학습용데이터 구매비’에 대해 R&D 비용 세액공제 적용
□ 국가전략기술 등 연구개발시설 세액공제* 적용방법 개선 (조특령)
* 투자세액공제율(%) : (일반) 1~10 (신성장원천기술) 3~12 (국가전략기술) 15~30
ㅇ 국가전략기술·신성장 등 연구개발시설이 사업화를 위해 한시 활용되더라도 국가전략기술·신성장 등 연구개발시설 공제율 적용*
* 투자완료일부터 다음 3개 과세연도 종료일까지 국가전략기술 등 연구 관련 사용시간이 50% 미달 시 공제세액 및 이자상당액 추징
【 기업과세제도 합리화 】
□ 통합고용세액공제 최소고용증가인원수 규정 (조특령)
※ 「2025년 세제개편안」(‘25.7.31.)에서 발표
| <법률(조특법§29의8) 개정내용> | |
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◇ 중견·대기업은 최소고용증가인원수를 초과한 고용 증가분에 대해서만 통합고용세액공제 적용 ㅇ 최소고용증가인원수의 구체적 기준을 시행령에 위임 | ||
ㅇ 고용증대 유인 강화를 위해 중견기업은 5명, 대기업은 10명을 초과하는 고용 증가분에 대해서만 세액공제 적용
□ 통합고용세액공제* 청년 판단기준 완화 (조특령)
* 청년(15~34세), 장애인, 60세 이상 등에 대해서는 우대공제액(+200~700만원) 적용
※ 「2025년 세제개편안」(‘25.7.31.)에서 발표
ㅇ 근로계약 체결 당시 34세 이하인 자가 연령 증가에 따라 34세를 초과하더라도 근로계약 체결일로부터 4년간(대기업은 3년) 청년으로 간주
□ 내국법인의 외국자회사 주식 등 현물출자 과세특례 구체화 (조특령)
| <법률(조특법§38의4) 개정내용> | |
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◇ 내국법인이 외국자회사 주식 등을 다른 외국법인에 현물출자하는 경우 ㅇ 주식 등을 처분한 경우 익금에 산입하는 금액의 계산방법 및 과세이연이 종료되는 주식 처분비율 등은 시행령에 위임 | ||
ㅇ (과세이연 종료) ➊피출자법인이 외국자회사 주식을 50% 이상 처분하거나, ➋내국법인이 피출자법인의 주식을 50% 미만으로 보유하는 경우
· 주식처분비율이 50% 미만인 경우 현물출자로 발생한 양도차익 중 익금에 산입하지 않은 금액에 대해 해당 사업연도에 처분한 주식 비율만큼 익금 산입
□ 채무보증에 따른 구상채권 대손금* 손금인정 범위 확대 (법인령)
* 「공정거래법」에 따른 채무보증, 금융회사 등이 행한 채무보증 및 해외자원개발사업 관련 해외현지법인에 행한 채무보증 등에 대해 구상채권 대손 발생 시 손금 인정
ㅇ 내국법인이 「국가자원안보특별법」에 따른 핵심자원 관련* 해외현지법인에 행한 채무보증에 대해 구상채권 대손금 손금 인정
* 핵심자원 및 그 핵심자원의 소재ㆍ부품 생산과 관련된 채무보증
□ 고배당기업 배당소득 분리과세 특례 대상 및 절차 마련 (조특령)
※ 「2025년 세제개편안」(‘25.7.31.)에서 발표
| <법률(조특법§104의27) 개정내용> | |
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◇ 고배당기업* 배당소득에 대해 종합소득 과세표준에서 제외하고 분리과세** 적용 * ➊배당성향 40% 이상 or ➋배당성향 25% 이상이고 이익배당금액이 10% 이상 증가 ** 세율 : (~2천만원) 14% (2천만원~3억원) 20% (3억원~50억원) 25% (50억원~) 30% ㅇ 배당소득의 범위, 고배당기업 요건, 배당성향 산정방법 등 시행령에 위임 | ||
ㅇ (배당소득 범위) 현금배당액(중간ㆍ분기ㆍ특별ㆍ결산배당 모두 포함)
ㅇ (적용대상) 펀드, 리츠 등 유동화전문회사*는 제외하되, 당기순이익 ‘0’ 이하인 적자배당 기업은 제한적**으로 허용
* 「법인세법」 제51조의2에 따른 소득공제가 적용되어 법인세가 과세되지 않는 법인
** 전년대비 배당이 10% 이상 증가하고, 자본총액 대비 부채비율이 200% 이하인 기업
ㅇ (배당성향) 연결재무재표 기준 배당성향*으로 산정
* 현금 배당총액 ÷ 지배기업 소유주지분 당기순이익
※ 연결재무제표 미작성 시 별도재무제표 기준 배당성향으로 계산
□ 투자ㆍ상생협력 촉진세제* 개편 (조특령)
* 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인의 미환류소득(기업 소득 중 투자, 임금증가, 상생협력 지출액으로 사용하지 않은 소득)에 대해 20% 추가과세
※ 「2025년 세제개편안」(‘25.7.31.)에서 발표
| <법률(조특법§100의32) 개정내용> | |
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◇ 투자ㆍ상생협력 촉진세제 환류대상에 배당을 추가하고 환류범위 확대* * (투자포함형) 60~80%→65~85% (투자제외형) 10~20%→20~40% ㅇ 환류대상 배당의 범위 및 기업소득 중 환류비율은 시행령에 위임 | ||
ㅇ (환류대상) 해당 사업연도 중 지급한 중간ㆍ분기ㆍ특별ㆍ결산배당*
* 현금배당으로 한정하되, 자본준비금ㆍ이익준비금 감액배당은 제외
ㅇ (환류비율) 기업소득의 80%투자포함형 또는 30%투자제외형
* (종전) 투자포함형은 기업소득의 70%, 투자제외형은 기업소득의 15%
ㅇ (기업소득 계산) 수입배당금 익금불산입액 및 법령상 의무 적립금 환입액 포함
· 외국자회사 수입배당금은 ’27년 배당분부터 기업소득 계산 시 포함
□ 대학의 수익용 자산 대체취득에 대한 세제지원* 확대 (조특령)
* 대학이 수익용 기본재산을 대체취득하는 경우 기존 자산 양도차익 중 대체취득분에 대해 법인세 과세이연(3년 거치 3년 분할 익금 산입) 적용
※ 「2025년 세제개편안」(‘25.7.31.)에서 발표
| <법률(조특법§104의16) 개정내용> | |
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◇ 대학의 수익용 기본재산 대체취득 시 과세이연 대상에 유가증권* 추가 * 유가증권은 대체취득 자산 처분시까지 과세이연
ㅇ 유가증권 범위, 구체적인 과세이연 방식은 시행령에 위임 | ||
ㅇ (유가증권 범위) 국·공채, 상장법인 주식, 국내투자형 펀드*
* 국내 자산에 주로 투자하는 등 재정경제부령으로 정하는 펀드
ㅇ (과세이연 방식) 대체취득한 자산 양도 후 새로운 자산을 다시 대체취득하는 경우도 과세이연 적용(최종 처분 시 과세)
□ 코스닥벤처펀드 소득공제* 대상 투자액 한도 확대 (조특령)
* 벤처기업투자신탁(코스닥벤처펀드) 수익증권을 투자일부터 3년간 보유 시 투자한 금액의 10% 소득공제 적용(투자연도부터 3개 과세연도 중 공제적용 연도 선택)
※ 「2026년 경제성장전략」(‘26.1.9.)에서 발표
ㅇ 소득공제(투자금액의 10%) 적용 대상 투자액 한도를 1인당 누적 3천만원에서 연간 2천만원으로 확대
【 기업의 지방이전 유인 제고 】
□ 위기지역 창업기업 세액감면* 요건 규정 (조특령)
* 위기지역(고용재난지역, 고용위기지역 및 산업위기대응특별지역) 창업기업에 대해 소득ㆍ법인세를 5년간 100% + 2년간 50% 감면
| <법률(조특법§99의9) 개정내용> | |
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◇ 위기지역 내 실질적 투자ㆍ고용을 창출하는 기업을 지원하기 위해 투자ㆍ고용과 연계된 감면요건 신설 ㅇ 구체적인 투자금액 및 고용인원 요건은 시행령에 위임 | ||
ㅇ 해당지역 내 투자금액이 5억원 이상이고, 상시근로자를 10명 이상 고용하는 경우 세액감면 적용
□ 연구개발 우수인력 범위 규정 (조특령)
| <법률(조특법§12의2③) 개정내용> | |
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◇ 연구개발 우수인력 채용에 따른 연구개발특구 입주기업 세액감면* 한도 확대** * 연구개발특구법에 따른 첨단기술기업 및 연구소기업 중 생명공학산업 및 첨단기술산업 등 업종에 대해 소득·법인세를 3년간 100%, 2년간 50% 감면 ** 투자누계액의 50% + 상시근로자 수×1,500만원(청년ㆍ서비스업ㆍ우수인력 2,000만원) ㅇ 연구개발 우수인력의 범위는 시행령에 위임 | ||
ㅇ (우수인력 범위) ➊자연ㆍ이공ㆍ의학계 분야 박사학위 소지자로서 ➋연구개발특구 입주기업에서 연구원으로 근무하는 사람
□ 본사 지방이전 시 세액감면 제도* 실효성 제고 (조특령)
* 수도권 과밀억제권역내에서 3년 이상 사업을 영위한 법인이 수도권 과밀억제 권역 내에서 수도권 외로 본사 이전 시 최대 15년간 법인세 감면
ㅇ 본사를 이전한 법인의 감면세액 추징 기준*이 되는 수도권 사무소의 본사업무 인원 비율 축소(50%→40%)
* 수도권 밖으로 본사 이전 후, 일정 규모 미만의 수도권 사무소 운영을 허용하되, 본사업무에 종사하는 상시 근무인원이 일정비율 이상인 경우 감면세액 추징
□ 해외진출기업의 국내복귀 세제지원* 확대 (조특령)
* 해외진출기업이 완전복귀하거나 부분복귀하는 경우 소득ㆍ법인세는 7년간 100% + 3년간 50% 감면하고, 관세는 5년간 완전복귀시 100%, 부분복귀시 50% 감면
ㅇ 국내사업장 신ㆍ증설 후 4년 이내에 국외사업장 축소를 완료하는 경우에도 유턴기업 부분복귀 감면대상*으로 인정
* (현행) ➊국내사업장이 없는 내국인이 신규창업하는 경우, ➋국외사업장 축소 완료 후 3년 이내 국내사업장 신ㆍ증설하는 경우만 부분복귀로 인정
ㅇ 국내사업장 신ㆍ증설 후 4년 이내에 국외사업장 축소를 완료하지 않은 경우에는 감면세액 전액 추징
【 지방 부동산 경기 활성화 】
□ 인구감소지역ㆍ인구감소관심지역 주택 취득 지원(조특령ㆍ소득령ㆍ종부령)
※ 「2026년 경제성장전략」(‘26.1.9.)에서 발표
| <법률(조특법§71의2) 개정내용> | |
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◇ 인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세ㆍ종합부동산세 특례 대상 지역에 “비수도권 인구감소관심지역” 추가 ㅇ 특례 대상주택의 소재지, 주택가액 등은 시행령에 위임 | ||
ㅇ 1세대 1주택자 세컨드홈 특례*가 적용되는 비수도권 인구감소 관심지역 주택의 가액기준을 기준시가 4억원 이하로 규정
* 1주택자가 인구감소지역 주택 등 취득시 기존 보유주택에 1세대 1주택 특례 적용
↳ (양도세) 12억원 이하 주택 비과세, 12억원 초과시 장특공제 우대
(종부세) 기본공제 우대(9→12억원), 고령자ㆍ장기보유 세액공제 적용
ㅇ 다주택자가 인구감소지역(비수도권 인구감소관심지역 포함) 주택*을 취득(’26.1.1.~)할 경우, 양도세ㆍ종부세 부과 시 주택 수에서 제외
* 비수도권 인구감소지역 소재 주택은 9억원 이하, 그 외 지역 소재 주택은 4억원 이하
□ 비수도권 준공후 미분양 주택 해소 지원(소득령ㆍ법인령ㆍ종부령)
※ 「2026년 경제성장전략」(‘26.1.9.)에서 발표
ㅇ 비수도권 준공후 미분양 주택을 취득하는 1주택자에 양도세ㆍ종부세 특례*가 적용되는 미분양 주택의 가액기준 상향(6→7억원)
* 1주택자가 준공후미분양 주택 추가 취득시 기존 주택에 1세대 1주택 특례 적용
↳ (양도세) 12억원 이하 주택 비과세, 12억원 초과시 장특공제 우대
(종부세) 기본공제 우대(9→12억원), 고령자ㆍ장기보유 세액공제 적용
ㅇ CR리츠가 매입하는 비수도권 준공후 미분양 주택에 대해 법인 양도소득 추가과세* 배제 및 종부세 합산배제(5년간) 지원기간 연장**
* 법인이 비사업용토지, 주택 등 양도소득의 10~20%의 세율로 법인세 추가 과세
** (현행) ’25.12.31까지 취득 분 → (개정안) ‘26.12.31까지 취득 분
□ 프로젝트 리츠에 대한 현물출자 과세특례 구체화 (조특령)
※ 「2025년 세제개편안」(‘25.7.31.)에서 발표
| <법률(조특법§97의9) 개정내용> | |
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◇ 내국인이 프로젝트 리츠에 토지ㆍ건물 현물출자시 양도소득세 납부이연 및 법인세 과세이연 신설 ㅇ 이연세액 납부방법, 사후관리 요건 위반 시 이자상당 가산액 계산방법 및 그 밖에 필요한 사항은 시행령에 위임 | ||
ㅇ (과세이연 종료) 현물출자로 취득한 주식을 50% 이상 처분하거나 리츠 해산 시 등에는 이연된 세액 전부 납부(법인은 익금산입)
· 주식처분비율이 50% 미만인 경우 주식처분비율만큼 세액 납부
ㅇ (이자상당가산액) 과세이연금액 × 납부·과세이연 일수 × 0.022%
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