재정경제부는 2025년 12월 국회를 통과한 개정세법에서 위임한 사항 등을 규정하기 위해 소득세법 시행령 등 21개 후속 시행령 개정안을 마련했다고 16일 밝혔다.

이번에 마련된 시행령 개정안은 1월 19일부터 2월 5일까지 입법예고한 후 차관회의·국무회의 등의 절차를 거쳐 2월 중 공포·시행될 예정이다.

개정안에 따르면, 미래전략산업 지원 강화 차원에서 R&D비용 세액공제를 적용받는 국가전략기술 및 신성장·원천기술 범위에 반도체, 미래형 운송, 수소 분야 세부기술 5개와 탄소중립, 첨단소부장, 바이오·헬스 등 11개 분야를 각각 신설·확대하고, 인공지능 분야 연구개발 지원을 위해 ’인공지능 학습용데이터 구매비’에 대해 R&D 비용 세액공제를 적용한다. 

또 통합고용세액공제 최소고용증가인원 수를 중견기업은 5명, 대기업은 10명을 초과하는 고용 증가분에 대해서만 적용한다. 

자본시장 활성화를 위해서는 고배당기업 배당소득에 대해 분리과세 특례대상을 현금배당액으로 하고, 적용대상에 펀드, 리츠 등 유동화전문회사는 제외하되, 당시 순이익 ‘0’ 이하인 적자배당기업은 제한적으로 허용하도록 했다. 

또, 투자·상생협력 촉진세제를 개편, 환류대상에 추가된 해당 사업연도 중 지급한 배당을 현금배당으로 한정(자본준비금·이익준비금 감액배당은 제외)하고, 환류비율은 기업소득의 80%(투자포함형) 또는 30%(투자제외형)로 개편했으며, 대학의 수익용 자산 대체취득에 대한 세제지원을 구체화했다.

이와 함께 지역성장을 지원하기 위해 위기지역 창업기업 세액감면 등 구체적 요건을 규정하고, 본사의 지방이전 시 세액감면 제도의 실효성을 제고하기 위해 사후관리를 강화했으며, 비수도권 준공 후 미분양 주택 해소를 위해 양도세·종부세 특례가 적용되는 미분양 주택의 가액기준을 7억원으로 상향조정하는 등 지원책을 마련했다.

개정안은 민생안정을 위해 취약계층 및 소상공인, 중소기업에 대한 지원을 강화하고, 납세자 권익보호를 강화했다.

먼저 취약계층에 대한 지원으로는 청년미래적금 이자소득 비과세 특례의 세부내용을 규정하고, 야간근로수당 등이 비과세되는 생산직근로자 범위와 월세 세액공제 적용 다자녀가구 대상주택 범위를 확대했다.

또, 소상공인 및 중소기업에 대한 지원으로 생계형 체납자의 납부의무 소멸 특례 세부규정을 마련하고, 폐업 개사육농가에 대한 한시적 비과세를 적용하며, 저도수 혼성주류에 대한 주세 감면 세부기준 규정을 수정했다.

이와 함께 납세자 권익보호 차원에서 부부 공동명의 1주택자에 대한 납세의무자 선택 범위를 확대하고, 공익법인의 의무이행여부 보고서 제출의무를 폐지하는 한편, 납세자보호담당관 직무･권한 범위를 확대했다.

개정안은 또 세부담 정상화 및 과세체계 합리화 차원에서 전자신고세액공제 기준금액과 근로소득 원천징수 시 자녀세액공제분을 합리화하고, 금융보험업 교육세 과세표준 제외항목 을 합리화했으며, 외국은행 국내지점에 대한 간주자본세제를 개선했다.

아울러 조세탈루 방지 차원에서는 체납 실태확인원 비밀유지의무 위반 시 과태료 규정을 신설하고, 외국법인 연락사무소 현황자료 미제출시 과태료를 구체화하는 동시에 현금영수증 의무발급 대상업종에 놀이방 등 보육시설 운영업과 숙식제공 하숙업 등 그 외 기타 숙박업 2개 업종을 추가했다.

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