2026년 달라지는 관세행정은?

관세청, ‘2026년 달라지는 관세행정’ 관세청 누리집에 공개
수출입 기업 지원, 납세자 편익 증진 등을 위한 제도 개선
박정선 기자 | news@joseplus.com | 입력 2026-02-06 09:10:54
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관세청은 올해부터 달라지는 관세행정 주요 제도를 국민들이 손쉽게 볼 수 있도록2026년 달라지는 관세행정을 관세청 누리집에 공개했다.

 

2026년 달라지는 관세행정수출입 기업 등 지원을 통한 원활한 무역환경 조성, 납세자 등 국민 권익 보호 및 편의 증진, 엄정한 관세국경 관리를 통한 대외 경제질서 확립 등을 위한 제도개선 내용을 포함하고 있다.

 

<수출입 기업 등 지원을 통한 원활한 무역환경 조성>

 

간이수출신고 허용 기준금액 상향(’26. 6월 시행 예정)

 

ㅇ 간이수출신고* 기준금액을 수출가격 400만원(FOB기준)에서 500만원으로 상향해 소규모 수출업체의 신고절차 간소화 및 수출 비용 절감 효과로 수출기업의 글로벌 경쟁력 향상에 기여한다.

* 간이수출신고는 정식통관절차 중 신고 항목을 간소화한 수출신고를 말한다.

 

풀필먼트 수출 확정가격 신고기간 연장(’26. 6월 시행 예정)

 

ㅇ 풀필먼트* 수출의 확정가격 신고기한을 판매대금 입금일(확정일)로부터 ‘60일 이내에서 ‘90일 이내로 연장해 수출기업의 업무부담을 완화하고 외국환거래 신고의무 위반을 예방한다

 

* 판매 상품을 해외 물류센터에 보관하고 고객의 주문에 맞춰 상품 선별, 포장, 배후 사후 교환·환불을 물류센터에서 대행하는 서비스

 

보세공장 제품 과세방식 신청 시점 개선(’26.1.1. 시행)

 

ㅇ 보세공장 제품의 혼용비율 과세 적용 신청기한은 혼용작업 전까지’, 원료과세 적용 신청기한은 원재료를 사용신고하기 전까지였으나 기업의 유리한 과세방법 선택 기회를 보장하기 위하여 관세법관련 조문*이 개정·시행된다.

 

* 관세법 제188, 189

 

ㅇ 개정 법조문 내용은 혼용비율 과세 적용 신청기한과 원료과세 적용 신청기한을 수입신고를 하기 전까지 연장하여 보세공장 제도를 이용한 첨단·핵심 산업의 조세부담 완화 및 경쟁력 강화에 기여한다.

 

<납세자 등 국민의 권익 보호 및 편의 증진>

 

품목분류사전심사 신고불성실 가산세 감면(’26. 1. 1. 시행)

 

ㅇ 품목분류 사전심사 결과를 통보받은 후 2개월 이내에 수정신고를 하는 경우 신고불성실 가산세(부족세액의 100분의 10)를 감면하는 법규정*을 신설하여 납세자의 편익 증진 및 품목분류 사전심사 활성화에 기여한다.

* 관세법 제42조의2 1항 제7

 

특수관계 사전심사 결정물품의 관세조사 시 과세가격 분야 제외(’26. 1. 1. 시행)

ㅇ 특수관계 사전심사(ACVA) 결정 물품에 대하여 관세조사 시 조사 항목에서 과세가격에 대한 사항은 제외하여 납세자의 예측가능성을 제고하고 성실신고 문화 확산에 기여한다.

 

중소기업확인서 디지털 방식으로 원스톱 처리(’26. 4월 시행 예정)

 

ㅇ 수출 환급 등을 위해 민원인이 중소기업확인서를 중소벤처기업부로부터 발급받아 세관에 제출하는 방식을 개선하여 세관 담당자가 중소벤처기업부와 연계된 관세청 전자통관시스템에서 실시간으로 확인할 수 있게 되어 국민의 편익 증진 및 증명서류의 신뢰성을 확보한다.

 

개인통관고유부호 유효기간 도입(’26.1.1.시행)

 

ㅇ 개인통관고유부호의 유효기간을 1년으로 설정하고 주기적 갱신하도록 하는 규정을 신설하여 도용·유출된 개인통관고유부호 사용에 따른 피해를 예방하고 수입자의 개인정보 보호에 기여한다.

 

<엄정한 관세국경 관리를 통한 대외 경제질서 확립>

 

보세운송 운송수단 신고의무 개선(’26.1.1.시행)

 

ㅇ 보세운송에 사용될 운송수단을 신고하지 아니한 경우 과태료를 부과하는 내용을 명확하게 관세법에 규정*하여 신고하지 않은 운송수단을 이용한 밀수출입 등을 예방하여 안전한 보세운송 제도 확립에 기여한다.

 

* 관세법 제216조 제3 

 

구매대행업자 연대납세의무 성립 요건 강화(’26.1.1.시행)

 

관세법상 구매대행업자의 연대납세의무 요건 중 과세가격 등의 정보를 거짓으로 제공을 삭제*하여 구매대행업자가 화주로부터 수입물품의 관세 등을 수령하면 연대납세의무가 성립하게 되어 구매대행업자의 허위 저가 수입신고 행위를 근절한다.

 

* 관세법 제19조 제5항 제1호 다목

 

세관공무원의 신변검색 법적근거 명확화(’26.1.1.시행)

 

ㅇ 세관공무원이 여행자에 대한 검사업무를 수행하기 위해 검색장비 사용을 통해 마약류 등의 신체 은닉이 의심되는 경우 그 물품을 내보이도록 요구할 수 있으며, 이에 따르지 아니하는 경우에는 신체 검색을 할 수 있도록 관세법에 명문화*하여 사회안전 저해물품을 선제적으로 차단한다.

 

* 관세법 제265조제2항 및 제3

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